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André Adoutte et la relance

du Centre de Génétique Moléculaire

André Adoutte
DR
Né au Caire le 3 février 1947, André Adoutte a fait ses études en  France  à l'université Paris-Sud Orsay. Après une thèse soutenue en 1977 et un séjour post doctoral aux Etats-Unis, de 1984 à 1998 il a dirigé le laboratoire de biologie cellulaire de la faculté des sciences d'Orsay.  On trouvena ci dessous le verbatim d'un entretien réalisé en novembre 2000, deux ans après sa nomination à la direction du Centre de génétique moléculaire,  peu de temps avant son entrée à l'Académie des Sciences, André Adoutte est brutalement décédé  le 19 mars 2002.

Lorsque vous avez pris la direction du Centre de Génétique Moléculaire en 1998, quelle était la situation ?
Quand on m'a proposé d'en prendre la direction, des négociations étaient très avancées pour faire exploser le CGM en trois unités distinctes. En clair son destin en tant que 'centre' semblait compromis. J'ai répondu qu'il ne m'intéressait pas de devenir une sorte de fédérateur d'unités éclatées. Je ne voulais pas assumer ce qui s'était passé dans certain institut du campus de Gif scindé en morceaux parce que les gens n'arrivaient plus à s'entendre. J'ai donc proposé un projet qui permette de réorganiser le CGM selon son schéma d'origine, c'est à dire sur la base d'une direction unique entourée de départements, chacun étant doté de son centre de gravité scientifique, donc un collège de direction avec des chefs de départements responsables. Quand j'ai avancé cette idée, j'ai été frappé  de voir à quel point les gens qui avaient vécu  dans les incertitudes à propos des orientations scientifiques du Centre souhaitent le rétablissement d'une véritable direction. En fait, ils ont tout de suite adhéré à des propositions qu'ils auraient rejetées dix ans plus tôt. Pour moi, il était clair que le CGM abritait des gens de qualité, mais que le sentiment d'appartenir à une même entité avait pratiquement disparu. Il fallait donc remotiver les chercheurs et comme ils me connaissaient bien, ils ont accepté de me faire confiance. Je dois ajouter qu'en la circonstance j'ai été parfaitement soutenu par le département des sciences de la vie du CNRS (J. Samarut, J. Godet) et fait non moins significatif par la commission 23  du Comité national.

Quelle a été votre première tâche ?
La première a été de renouveler les équipes, c'est-à-dire d'accompagner et d'organiser des départs suscités par des arrivées de jeunes chercheurs. Malgré le scepticisme des collègues, ça a marché, même si je reconnais avoir bénéficié d'une conjoncture favorable que constituait une vague de prises de retraites . En cinq ans j'estime que le tiers des effectifs du CGM aura été renouvelé. Nous sommes en train d'attirer quelques équipes de très grande qualité, je pense en particulier à un chercheur (B. Séraphia) qui a passé sept ans à Laboratoire européen de biologie moléculaire à Heidelberg (EMBL), mais qui souhaite revenir en France pour s'installer chez nous. La restauration d'un cadre de travail agréable et fonctionnel s'imposait également. C'est pourquoi  j'ai voulu installer au CGM une vraie bibliothèque 'à l'américaine'. I.e. ouverte à tout le monde 24 heures sur 24 (j'exagère un peu, la nuit il faudra quand même un passe pour entrer). On a donc supprimé la salle de conférence pour faire une belle salle de lecture, une autre d'archivage, on aura des ordinateurs ainsi que des coins de lecture conviviaux. La aussi, les gens étaient dubitatifs ...rénover la bibliothèque ? On en parlait depuis vingt ans! Mais comme j'ai bénéficié là aussi de la bonne volonté du personnel ITA (et du soutien du DSDV), c'est ainsi que nous avons pu ouvrir ce nouveau service.

Dans les sciences de la vie, le nouveau contexte n'est il pas le développement des biotechnologies?
Il est clair que la biologie est désormais prise dans un mouvement qui la rapproche des 'big sciences', exactement comme les physiciens il y a un demi siècle avec la physique nucléaire. Les biologistes sont de plus en plus tributaires de gros équipements, de gros budgets. Leurs travaux mettent en oeuvre des équipes sans cesse plus nombreuses, avec une forte parcellisation des tâches. Aujourd'hui on pourrait presque parler de taylorisme scientifique dans la biologie. Quand j'ai accepté de prendre la direction du CGM, j'ai pas mal réfléchi à la situation de ces gros instituts dans les sciences de la vie (j'ai aussi participé au comité d'évaluation de l'Institut Jacques Monod qui est encore plus gros que le CGM), ce qui m'a donné quelques idées sur l'avenir de ces grands organismes dont la génétique moléculaire, la biologie cellulaire, représentent l'essentiel des activités.

Pourriez vous en donner un exemple?
Par exemple, j'ai voulu insérer le CGM dans les plates-formes de puces à ADN (DNA chips). Pour nous, il s'agit de collaborer avec près de 27 équipes (tous les instituts du campus de Gif et un très grand nombre de laboratoires du campus d'Orsay) pour développer ces gadgets qui permettent d'étudier l'expression de milliers ou de quelques milliers de gènes d'un seul coup. On les dispose sur une petite plaque de verre, on les hybride avec des ARN extraits de tel ou tel tissu, ou de telle ou telle cellule, qui sont dans telle ou telle condition physiologique, dans telle ou telle condition pathologique et on regarde quels gènes sont actifs, exprimés, et dans telle condition, dans telle ou telle pathologie . Grâce à ces puces, on obtient en une seule manip l'image du fonctionnement de milliers, voire de dizaines de milliers de gènes, un résultat concentré sur une toute petite surface que l'on peut analyser grâce à des programmes informatiques. Avec les puces à ADN on peut comparer un tissu tumoral et un tissu sain. On peut montrer que sur les 40 000 ou 50 000 gènes humains, il y en a quinze mille qui sont susceptibles de s'exprimer dans telle tumeur du sein, parmi lesquels cent gènes sont sur-exprimés dans la tumeur par rapport à une cellule de sein normal. On voit les ouvertures vers les applications médicales. L'équipement nécessaire à ces techniques requiert des investissements et des moyens matériels importants et nous avons réservé un étage complet du Centre pour l'infrastructure nécessaire à la fabrication de ces puces à ADN, à la réalisation de l'hybridation, à la lecture et à l'analyse et à l'interprétation des séquences.

Quid de vos relations avec l'industrie ?
Il y a eu au CGM des recherches intéressantes à caractère biotechnologique, voire susceptibles d'applications pharmacologiques ou industrielles menées en relation avec l'industrie. Nous avons dans la maison des gens qui travaillaient avec Roussel ou Rhône Poulenc par exemple. Mais je veux être clair, notre objectif n'est pas de  développer  systématiquement ce type de coopération. Cela signifie que, le cas échéant, je ne fais pas des pieds et des mains pour empêcher les chercheurs qui le souhaitent de prendre leur indépendance. Nous n'aurons pas la politique de nos collègues de l'Institut de chimie des substances naturelles (ICSN) qui sont souvent d'origine pharmacienne et ont, de ce fait , une culture différente de la notre. Donc, si je ne suis pas opposé à ce qu'un certain nombre de jeunes chercheurs (ou de 'moyennement jeunes' chercheurs) se lancent dans des entreprises de biotechnologie, ils doivent savoir qu'ils resteront minoritaires au CGM. A mon sens, notre véritable mission doit nous maintenir en amont du technologique.

Les relations parfois délicates entre la recherche fondamentale et les applications n'expliquent t'elle pas la courte existence du Groupe de recherche pour l'étude des génomes (GREG) au début des années 1990?
Je ne le crois pas. Dans l'affaire du GREG, Piotr Slonimski avait déclaré d'amblée qu'il n'était pas question de se cantonner au génome humain et il avait  raison. Il défendait le point de vue de la génétique fondamentale selon lequel le séquençage d'organismes simples apporterait énormément à l'étude du génome humain ce qui s'est avéré exact. C'est ainsi que le GREG a joué un rôle très important dans ce pays en préservant la diversité des modèles en génomique tout en essayant de soutenir des projets de qualité, ce qui était au fond le seul critère à retenir pour évaluer son activité. Mais il est vrai qu'il s'avère souvent difficile d'harmoniser le déroulement des grands programmes scientifiques de type Human Genome Project, Génopole d'Evry ou Centre national de séquençage qui sont d'autant plus difficiles à gérer que les enjeux deviennent politiques, c'est-à-dire qu'on voit surgir des rivalités de pouvoir qui prennent  le pas sur les aspects purement scientifiques de leur activité.

Nonobstant, les relations du GREG avec le CGM n'avaient elles pas suscitées quelques tensions à l'époque?
En l'occurence, je crois qu'il s'est davantage agi de problèmes de personnes que d'une question politique.  Lorsqu'en 1992 Piotr Slonimski a pris sa retraite du CNRS il s'est vu confier la direction du GREG et Jean-Claude Mounolou  qui avait été son élève 'brillantissime' lui a succédé à la tête du CGM. Or, le GREG était un organisme doté de moyens de fonctionnement très supérieurs à ceux du CGM tandis que la direction des SDV rejetait les demandes les plus élémentaires de Mounolou. La période suivante a été encore plus pénible, Ed Brody a pris le relais tout en continuant les activités qu'il avait aux Etats-Unis dans les biotechnologies. Finalement, Jean-Claude a accepté de revenir au CGM pour assurer l'intérim, c'est à dire en attendant que je prenne mes fonctions. C'est ainsi que nous avons pris ensemble les décisions qui engageaient  l'avenir du Centre et que j'essaye de mettre en oeuvre aujourd'hui.

Développer les relations avec l'université
Il s'agit évidemment d'un point capital. Comme je suis professeur et pas chercheur je continue d'enseigner et comme je suis un 'vrai' professeur, cela me fait encore pas mal d'heures de cours à donner à Orsay et à l'ENS; je forme aussi des étudiants en physique du niveau DEA intéressés par l'interface physique-biologie, il s'agit d'ouvrir les jeunes physiciens à la biologie.  Certes la tâche est lourde, mais elle me parait essentielle.

Vous même êtes un chercheur fondamental d'origine universitaire
Il est clair que ma formation s'inscrit dans la tradition de la recherche fondamentale qui fut jusqu'ici celle de l'université comme du CGM et  c'est là que j'ai soutenu ma thèse avec Janine Beisson sur la génétique mitochondriale chez les ciliés.  Mais si, en tant que nouveau directeur du Centre, je suis tenu de prendre acte de l'évolution de la biologie vers la 'big science', c'est à dire de gérer l'accès et le traitement de ces masses énormes d'information provenant du génome, j'essaye d'y  maintenir la tradition d'une recherche  libre. D'ailleurs, je constate que malgré cette évolution de la biologie vers le 'big' il existe toujours des petites équipes extrêmement productives dans notre domaine.  Je lisais récemment une interview de Christiane Nüsslein-Volhard qui racontait dans quelles conditions elle a découvert les gènes qui déterminent le développement précoce de la drosophile (avec Eric Wieschaus et l'aide d'un technicien, c'est à dire trois personnes dans un coin de l'EMBL !) ce qui leur a valu le Nobel de 1995. Je suis persuadé qu'on peut encore faire des choses d'une grande originalité au sein de toutes petites équipes, surtout si on a un bon projet . Je dirais que l'existence de ces créneaux au milieu de la 'big science' est en quelque sorte l'heureux paradoxe de la biologie d'aujourd'hui.

La phylogenèse
Ce qui m'intéresse c'est de comprendre comment marche le vivant, ce qui signifie que je n'ai aucun complexe du 'chercheur enfermé dans sa tour d'ivoire', ... du type inutile à la société. Au vrai, le  but de la recherche scientifique n'est-il pas d'essayer de comprendre les mystères de la nature ? Depuis que je fais de la recherche, je suis passionné par les mécanismes de l'évolution. Je considère que la genèse des plans d'organisation qui distinguent les grands ensemble d'espèces (le phylum) reste l'une des grandes questions de la biologie. Quand j'étais à Orsay, j'avais une grosse équipe d'une trentaine de personnes. J'avais un groupe de recherche sur la morphogenèse cellulaire qui travaillait sur le cytosquelette, un deuxième qui se consacrait à la construction phylogénétique ( i.e. reconstruire l'histoire de l'évolution par l'analyse comparée des séquences) et qui a acquis une certaine notoriété internationale. Enfin, j'avais lancé un troisième thème sur l'étude de l'évolution du développement. Nous essayions de comprendre (nous continuons) comment les modifications qui surviennent dans les gènes du développement précoce ont pu être responsables de la genèse des grands plans d'organisation chez les animaux. Les zoologistes reconnaissent une trentaine de phylum animaux qui se caractérisent tous par ce que l'on appelle des plans d'organisation. Ils sont différents selon les espèces, anélides, mollusques, arthropodes, chordés... On est de plus en plus convaincu que ce qui fait les différences entre ces groupes ce ne sont pas des gènes radicalement différents (l'étude comparée des génomes nous montre que ce sont les mêmes) mais la façon dont ils sont utilisés au cours du développement. Très schématiquement, tel produit est sur-exprimé à tel moment, tel produit est sur-exprimé dans tel groupe de cellule, c'est ce qui explique la morphogenèse.

En tant que directeur du CGM, vous continuez à faire de la paillasse ?
Je n'en ai malheureusement plus guère le temps. Il y a cinq ans, j'avais décidé de me recycler et j'ai suivi un séminaire d'embryologie au laboratoire de biologie marine de Woods Hole. Il s'agissait d'un enseignement de très haut niveau destiné aux doctorants ou aux post doc, comme j'étais le plus vieux du groupe, on avait  hésité à m'accepter mais ensuite ce sont les Américains qui m'ont invité à revenir, mais comme professeur ! Depuis lors, je passe six ou sept semaines à Woods hole chaque année afin de rester dans le bain. C'est mon petit créneau de recherche, le moment où je peux faire quelques petites choses par moi même, discuter avec les collègues, faire de la bibliographie, etc. Cela me donne l'occasion de travailler avec mes thésards, un petit groupe de doctorants de très haut niveau que j'ai introduit au CNRS.

Les biotechnologies au service de la phylogénétique
Aujourd'hui, les nouvelles technologies rendent abordable le vieux rêve des phylogénéticiens. Grâce aux puces à ADN dont je vous parlais plus haut, on peut étudier les gènes qui s'expriment progressivement au cours du développement de tel ou tel organisme, on peut essayer de voir comment ils fonctionnent chez différents organismes, comment l'altération de ces gènes, le changement de leur régulation, pourraient expliquer les changements de leurs plans d'organisation. C'est ainsi que les vingt cinq  équipes du CGM  se partagent entre projets fondamentaux et projets à visée appliquée. Il existe entre ces deux aspects de la recherche un important espace de recouvrement parce que, d'une part, les méthodes d'origine sont communes, d'autres part on en est encore à développer les outils conceptuels pour analyser les données que nous fournit la génomique. La lecture d'une succession de bases de nucléotides a nécessité la mise au point de grilles pour apprendre à interpréter, à comprendre la lecture des génomes ce qui a nécessité de nouvelles méthodes d'analyse, donc engendre un dialogue entre ceux qui cherchent à interpréter ces données et ceux qui les collectent. Ainsi, les équipes que je cherche à attirer au CGM sont constituées de gens qui se posent les grandes questions du futur en biologie et, de ce point de vue, les équipements lourds que nous mettons en place ne sont que les moyens de répondre à ces interrogations.


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