Du CNRS à l’ANR, un siècle d’organisation de la recherche scientifique en France

par Jean-François Picard, 2021

Depuis un siècle, le physicien Jean Perrin reste la figure emblématique d'une république des savants qui a vu la création du Centre national de la recherche scientifique*. On voudrait évoquer ici deux personnalités, un peu oubliées aujourd'hui, dont le rôle ne fut pas moindre dans l'histoire du CNRS que celui de l’illustre physicien, pour ne rien dire de leur importance dans l'organisation de la recherche publique en France. A la fin des années 1920, le physiologiste André Mayer, professeur du Collège de France, a installé l’'Institut de biologie physico-chimique' (IBPC), un organisme chargé de mener des recherches pluridisciplinaires afin de rompre les rigidités du cadre universitaire. Tout en inspirant l'organisation du futur CNRS, l’IBPC a été un acteur majeur du rapprochement de la chimie et de la physique pour donner cette 'molécularisation' de la biologie et de la médecine que nous connaissons aujourd'hui. Le physicien Henri Longchambon, jeune doyen de l’université de Lyon, soucieux d’effacer le distingo stérile entre la recherche fondamentale et ses applications, a organisé le premier dispositif de programmation scientifique pour la mobilisation de 1939, inspirant une vingtaine d'années plus tard la création d'un opérateur de recherche, la 'Délégation générale à la recherche scientifique et technique' (DGRST). Pour sa part, Jean Perrin a ouvert une caisse des sciences destinée à soutenir la recherche académique, autrement dit pour user d'une terminologie actuelle, une agence de moyens. Ainsi, le conseil supérieur de la recherche fut créé dans les années 1930 pour abonder les bourses fournies par une Caisse nationale de la recherche scientifique dans les milieux académiques. Devenu comité national de la recherche scientifique au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, en ne présentant comme le défenseur intransigeant de la recherche fondamentale, ce parlement de la science a su professionnaliser les métiers de la recherche, mais sans effacer les rivalités corporatistes qui opposent la communauté scientifique au monde universitaire. Ainsi, on risquera l'hypothèse que le CNRS doté de cette double double vocation de caisse des sciences et d'opérateur de recherches a fini par se heurter aux contraintes posées par l'essor d'un univers technico-scientifique annoncé par Mayer et Longchambon, au profit d'une 'Agence nationale de la recherche' (ANR) installlée au début du XXI° siècle.

I - André Mayer, les vertus de l’interdisciplinarité

Fils d’un industriel du textile, André Mayer est né à Paris en 1875 dans une famille de la bourgeoisie juive d’origine alsacienne. Il commence ses études médicales à l'âge de 16 ans et passe son doctorat en 1900. Peu soucieux de s’abriter dans le confort de son milieu aisé, en pratiquant chaque matin dans une clinique pour indigents des quartiers populaires parisiens le docteur Mayer manifeste très tôt un humanisme bienveillant qui ne le quittera pas au cours de sa vie, mais il est attiré par la recherche. Sous la direction d’Albert Dastre, un élève de Claude Bernard qui l’accueille dans son laboratoire de l'Ecole pratique des hautes études (EPHE), il soutient une thèse qui fera date sur les conséquences physiologiques de la soif, mais aussi psychologiques, un point qui illustre l'ampleur de ses intérêts multi disciplinaires. Héritier de la physiologie bernardienne, André Mayer étudie les colloïdes, les suspensions de macromolécules, première étape d'une recherche pluridisciplinaire où la rencontre de la biophysique, de la chimie organique et de la physiologie cellulaire aboutira quelques décennies plus tard à l'essor d'une nouvelle discipline, la biologie moléculaire. Devenu responsable du laboratoire de physiologie de la Sorbonne, il recrute des chercheurs qui resteront auprès de lui jusqu'au CNRS, Emile Terroine qui travaille sur les questions de nutrition ou Emmanuel Fauré Frémiet sur les ciliés. Engagé volontaire en 1914, la notoriété d'André Mayer s’élargit au monde scientifique anglo-saxon. Nommé aide-major aux Armées, il dirige le laboratoire de physiologie des services chimiques de guerre. En 1915, à la suite de la première attaque aux gaz asphyxiants menée à Ypres par les Allemands contre les troupes canadiennes, il organise l’’Allied Chemical Warfare Service’ où il révèle ses qualités de planificateur. Ses compétences reconnues sur le plan international, il participera à la conférence du désarmement de Washington en 1921 qui met la guerre des gaz hors la loi. Au lendemain de la guerre, André Mayer est nommé professeur de physiologie à la faculté de Strasbourg où il installe un institut de physiologie qu'il confie à son collaborateur Emile Terroine. En 1923, il est élu au Collège de France à la chaire de physiologie créée par Claude Bernard.

Le début du vingtième siècle a vu le mécénat scientifique se développer notamment en Amérique où des fondations sont créées par les magnats de l’industrie, comme John D. Rockefeller ou Andrew Carnegie. En 1917, à l'entrée en guerre de l'Amérique la Rockefeller est d’ailleurs intervenue en France, initialement pour développer la lutte antituberculeuse. Au lendemain du conflit, cette forme de mécénat se développe de manière autochtone lorsque le banquier Edmond de Rothschild décide de créer une fondation pour le développement de la recherche scientifique. Après en avoir discuté avec le recteur de l’université de Paris, le mathématicien Paul Appell, à l'été 1921 le baron Rothschild réunit un groupe de sommités scientifiques, les physiciens Paul Langevin et Jean Perrin, le chimiste Georges Urbain et le physiologiste André Mayer auxquels il confie les destinées de sa fondation. « C'est Jean Perrin qui m'a présenté au baron Edmond de Rothschild se souvient André Mayer. Je ne savais alors de lui que ce qui était connu de tous, qu'il continuait la tradition de ces grands banquiers du XIXe siècle dont nous commençons seulement à mesurer le rôle, banquiers des États, sans doute, comme leurs prédécesseurs de la Renaissance, mais en vérité bien plus que cela; au moment où le progrès technique prenait son grand essor, ils ont permis l’essor économique du monde moderne». Pour répondre aux vœux du recteur Appell et de Perrin, la fondation Rothschild est constituée sous la forme d'une caisse des sciences censée abonder des chercheurs méritants dans le monde universitaire (1).
Fonctionnant à l'origine comme une caisse des sciences, la fondation ne tarde pas à rencontrer des difficultés d'arbitrage entre ses innombrables solliciteurs et en est rapidement réduite à saupoudrer ses libéralités, une situation qui ne semble pas avoir répondu aux intentions du mécène. En effet, la fréquentation de Claude Bernard, avait amené le baron Rothschild à réunir des physiciens, des  chimistes et des biologistes en vue d'étudier les mécanismes de la vie et leurs éventuelles applications en cancérologie. En 1928, il confie à André Mayer le soin d'organiser ce qui deviendra l'Institut de biologie physico-chimique (IBPC). L'idée est de permettre à des chercheurs, parfois d'origine étrangère et exclus de l'enseignement supérieur, de mener leurs recherches dans un esprit d'interdisciplinarité.  "Ayant accepté la responsabilité de la défense scientifique et ayant mesuré le danger que le pays avait couru, les hommes de science qui sortaient de cette guerre ont tous poussés à s'unir pour alerter le pays et le doter d'une organisation scientifique solide. Rompant avec les modes de fonctionnement universitaires, il s’agissait de réaliser cette collaboration des professeurs entre eux, si souvent désirée, mais jamais organisée jusqu’ici à cause de l’organisation de notre université en facultés». Grâce à une nouvelle donation de six millions de francs, un bâtiment moderne est construit et aménagé rue Pierre Curie dans le V° arrondissement parisien. La direction du nouvel organisme est confiée à un groupe de 'tétrarques', Pierre Girard, André Mayer, Jean Perrin et Georges Urbain.

Le généticien Antoine Danchin a rappelé comment « l’IBPC est né à un tournant de l'histoire de la biologie, lorsque l'étude de l'organisme a fait place à celle de la cellule et où la cellule elle-même, commençait à pouvoir être résolue en composants plus simples, signant le premier pas d'un réductionnisme moderne qui aboutira à la biologie moléculaire ». Boris Ephrussi, un chercheur d’origine russe qui, n’ayant pas trouvé de position à l’université en tant qu'étranger, a commencé à travailler au laboratoire de cytologie expérimentale de Fauré Frémiet à l'IBPC. En 1934, grâce à une bourse Rockefeller, Ephrussi se rend au Caltech chez le pionnier de la génétique expérimentale, Thomas H. Morgan. C'est là qu'il réalise avec George Beadle une expérience princeps sur la mouche drosophile qui démontre le rôle d’une ‘substance diffusible’ dans la transmission des caractères héréditaires, première démonstration de la relation génotype - phénotype, à l'origine de la génétique moléculaire.  Bien informé des développements de la génétique mendélienne, grâce à une bourse Rockefeller, André Mayer envoie aux Etats-Unis un jeune normalien, Philippe L’Héritier, s'initier aux arcanes de la génétique mendélo-morganienne, «...une discipline en plein développement aux États-Unis dont il disait combien il était absurde de la voir ignorée par les naturalistes français ». A son retour en France, L’Héritier initie son condisciple Georges Teissier à la génétique des populations et il participera après-guerre à l’installation de l‘'Institut de génétique’ du CNRS à Gif s/Yvette. Dans son laboratoire de l’IBPC, le biophysicien René Wurmser, ex-préparateur d’André Mayer au Collège de France, s’intéresse aux aspects énergétique du métabolisme intermédiaire, mettant à jour le mécanisme de la biosynthèses par l'assimilation chlorophyllienne. Dans ce laboratoire un autre boursier Rockefeller, Louis Rapkine, un biochimiste d’origine russe s’intéresse avec les pasteuriens André Lwoff et Jacques Monod aux phénomènes d’oxydoréduction dans la division cellulaire.
L’historien Michel Morange a comparé le rôle de l'Institut Pasteur et celui de l'IBPC dans l’essor de la biologie moléculaire. Il note que ce n’est que lorsque René Wurmser devient administrateur de l’IBPC à la fin des années 1950 que l'organisme se réoriente vers la nouvelle discipline. L'historien conteste aussi le concept d’interdisciplinarité sur lequel fut bâti l’IBPC. Il ne s’agissait pas d’une coopération égale entre les trois disciplines, physique, chimie et biologie, mais d’une "entraide", un transfert des connaissances des deux premières vers la troisième. L’argument peut être discuté; par exemple la fondation Rockefeller ne parle pas d'interdisciplinarité, mais évoque le rôle d'une intelligence collective, un 'Aristote composite', lorsque sa 'Natural Science division' forge le concept de 'molecular biology' au cours des années 1930 (1b). En revanche, l’historien insiste judicieusement sur les spécificités de la voie suivie par les pasteuriens qui délaissent les mouches d'Ephrussi ou de L'Héritier pour s'intéresser aux "...micro-organismes qui se sont révélés bien plus que de simples outils pour la connaissance et la lutte contre les maladies (puisque) c’est leur étude, en tant que formes élémentaires de la vie, qui permit l’essor de la biologie moléculaire ». Enfin souligne Morange, la différence entre Pasteur et l’IBPC s’explique aussi par une question de personnalité. Autant André Lwoff sut attirer autour de lui un ensemble de personnalités remarquables, autant l'autoritarisme d'Ephrussi, pourtant un visionnaire exceptionnel, l'aura empêché de faire école.
Evoquant le singulier destin de la génétique en France dans le ‘Journal of the History of Biology’, Richard Burian, Jean Gayon et Doris Zallen proposent une synthèse de ces deux points de vues. Les auteurs insistent sur le rôle de la physiologie bernardienne, coincée entre la tradition lamarckienne de transmission héréditaire des caractères acquis et l’absence de tradition génétique mendélo-morganienne, tout en soulignent le paradoxe d’une hérédité non mendélienne dont les perspectives, partagées dans les deux instituts, sont discutées par Boris Ephrussi et André Lwoff au sein d'un informel club de physiologie cellulaire, l'organisateur en 1948 d’un des premiers colloques CNRS - Rockefeller intitulé ‘unités biologiques douées de continuité génétique’.

L’apport de l'Institut de biologie physico-chimique ne se limite pas à la mutation réductionniste des sciences de la vie. Il a aussi été le creuset où s'opère une réflexion sur ce que devrait être une organisation nationale de la recherche scientifique. Au début des années 1930, cette perspective s’ouvre aux responsables de l’IBPC selon deux voies, soit développer une caisse nationale des sciences censée appuyer l’Université comme le demande Jean Perrin, soit installer un service national de la recherche tel que le suggère André Mayer. Sous l'influence du physicien, la première option l’emporte dans l'immédiat. Né à Lille au hasard d’une garnison de son père militaire, Jean Perrin a mené ses travaux sur la structure discontinue de la matière, le mouvement Brownien provoqué par l’agitation des électrons qui lui a valu le Nobel de 1926. Eminent représentant de la 'République des Professeurs' d'Albert Thibaudet, Jean Perrin est un membre actif d’un groupe de normaliens progressistes où l'on trouve outre le doyen Appell, le mathématicien Emile Borel, les physiciens Aimé Cotton et Paul Langevin, le chimiste Georges Urbain et le socialiste Léon Blum, soudé par des convictions progressistes partagées dans leur jeunesse lors de l'affaire Dreyfus. En 1930, ils fondent l’Union rationaliste, une association d'inspiration franc-maçonne fondée sur la conviction que l'avancement des sciences est le principal moteur de progrès pour l'humanité. Dans une envolée aussi lyrique que d'inspiration positiviste, Jean Perrin n’hésite pas à proclamer "...la science, notre religion…/ Rapidement, peut être seulement dans quelques décades, si nous consentons au léger sacrifice nécessaire, les hommes libérés par la science vivront joyeux et sains, développés jusqu'aux limites de ce que peut donner leur cerveau.../ Ce sera un Eden qu'il faut situer dans l'avenir au lieu de l'imaginer dans un passé qui fut misérable" (2).

En juin 1930, Jean Perrin expose devant l'Académie des sciences un projet d'organisation de la recherche publique qui permettrait de fournir des bourses à de jeunes chercheurs prometteurs. Usant d'une métaphore agronomique, il affirme le rôle de l’Etat en la matière : "tout le problème de l'organisation scientifique consiste à trouver les jeunes esprits qui pourront devenir 'Ampère' ou 'Pasteur'. Le hasard n'y peut suffire et il faut y aider comme un bon jardinier qui sait reconnaître et protéger, dans des champs d'herbes folles, les jeunes plantes qui deviendront des arbres puissants.../ Doit-on continuer à admettre que l'activité d'un chercheur puisse dépendre de la générosité d'un mécène? Non. La recherche est un patrimoine national. La prise en charge des chercheurs est une responsabilité de service public ». Mais il se heurte à certaines réticences. André Tardieu le président du Conseil demande si avant de créer un nouveau service avec les couts afférents, il ne conviendrait pas d'augmenter la subvention de ceux qui existent déjà. Le projet est donc remanié sous forme de règlement intérieur d’une caisse nationale des sciences destinée à regrouper les différents modes d’intervention existants jusqu'alors, une ‘Caisse nationale de recherche (1901), la ‘taxe Borel’ (1925), une caisse de retraite des vieux savants. La 'Caisse nationale des sciences' (CNS)  créée le 16 avril 1930 dispose d'un budget de 5 millions de francs prélevé sur celui de la ligne Maginot. La fonction de la CNS dit Perrin est de permettre à ceux «qui se distingueront dans la recherche scientifique, de poursuivre cette activité, sans avoir d'autre obligation que précisément de continuer à s'y dévouer entièrement». Rebaptisée 'Caisse nationale de la recherche scientifique' en 1935, il s'agit de doter l'enseignement supérieur des moyens de développer ses activités scientifiques (3).

La bonne utilisation des ressources destinées à la recherche doit reposer sur une instance représentative estime Jean Perrin. En avril 1933, il obtient l'installation d'un ‘Conseil supérieur de La recherche scientifique’ (CSRS) qui devra fonctionner comme «...un jury à l'autorité incontestable, constitué de personnalités éminentes (...) qui devaient accepter de faire des propositions dont elles ne pourraient en aucun cas profiter». Ce 'CSRS' représentera l'ensemble des disciplines scientifiques et non des institutions comme le Conseil Supérieur de l'Instruction publique. Mais il est divisé en sections dont le découpage est inspiré de celui des chaires universitaires (mathématiques, mécanique et astronomie, physique, chimie, biologie, sciences naturelles, histoire et philologie, philosophie et sciences sociales). Il est prévu que ses membres seront nommés pour un tiers par l'Académie des sciences et les sociétés savantes, les deux autres élus par un collège électoral d'universitaires, dont un quart réservé aux chercheurs de moins de quarante ans. A l'Education nationale, ces dispositions sont admises sans réserve par le directeur des Enseignements supérieurs (Jacques Cavalier) : "quel que soit son effort, l'Etat ne croit pas devoir intervenir pour imposer un programme ou des directives précises. L'orientation de la recherche, c'est aux savants qu'il appartient de la faire et ce principe de liberté (sera) à la base de l'organisation de la recherche scientifique en France" (4). On verra comment le CSRS devenu comité national de la recherche scientifique une dizaine d’années pourra assurer une place centrale dans le fonctionnement du CNRS.

En 1936, le Front populaire concrétise un projet emblématique de Jean Perrin, l'ouverture du Palais de la Découverte, tandis que dans un geste essentiellement symbolique, Léon Blum le président du Conseil installe un sous-secrétariat d'Etat à la recherche scientifique qu’il confie à Irène Joliot, l’épouse de Frédéric Joliot avec qui elle a obtenu l'année précédente le Nobel pour la découverte de la radio-activité artificielle. Plus déterminant à terme, Jean Zay le ministre de l’Education nationale installe un 'Service de la recherche' dont il confie la responsabilité au physiologiste Henri Laugier. Il s'agit de développer les moyens des laboratoires en recrutant un corps d'aides techniques, les futurs ingénieurs-techniciens-administratifs (ITA) du CNRS. Au printemps 1938, confronté aux "...querelles de savants, si redoutables à arbitrer" que n'ont pas manqué de provoquer la hausse du budget de la recherche (26 MF 1937), Jean Zay convoque le Conseil supérieur de la recherche scientifique à la Maison de la chimie (5). A cette occasion, le ministre évoque la nécessité d'une politique scientifique, un terme que Jean Perrin n'aura jamais fait sien et dont on relève la première utilisation dans un discours officiel, «...lorsqu’il s’agit d’établir un projet d'extension et de développement de la recherche scientifique en France. En effet, il est indispensable que soit mis au point un programme de réalisation qui recueille l'assentiment du corps savant dit le ministre.../ J'ajoute que l'existence d'un tel programme sera d'un poids considérable au Parlement lorsque le Gouvernement aura à défendre ses futures propositions» (6). Lors de cette réunion du CSRS, André Mayer préside une commission chargée d’élaborer un programme d'extension du Service de la recherche dont il avait préconisé l'installation sept ans plus tôt : «il est singulier que lorsqu'on évoque l'idée d'une collaboration entre chercheurs, on se heurte encore à un certain scepticisme. En fait, jamais des collaborations n'ont été plus nécessaires qu'en ce moment où toutes les sciences sont en mouvement.../ Aujourd'hui, qui peut être spécialiste en tout? Réunions, colloques, symposiums., le service de la recherche doit se faire le tuteur de groupements de ce genre quand il s'agit d'explorer un domaine particulier de la science ou de réaliser un programme de longue haleine » (7).
En fait, les liens entre les questions d’alimentation et la santé humaine n’ont jamais quitté les préoccupations d'André Mayer. La crise de 1929 avait montré qu’une mauvaise distribution alimentaire liée à la baisse du pouvoir d’achat avait provoqué des surplus et non l’inverse, comme on l’imaginait alors. Cette relation entre nutrition et santé l’avait amené, avec sa collaboratrice Lucie Randoin de l’Ecole pratique des hautes études, à participer à la première grande enquête internationale sur les questions d'alimentation humaine conduite par deux experts en santé publique de la Société des Nations, Ludwik Rajchman et Edouard J. Bigwood. Lors de la mobilisation de 1939, il installe une commission pour l'étude des problèmes de l'alimentation en temps de guerre. Une étude sur le stockage et la conservation des foies de poisson est demandée à un professeur de médecine à la faculté de Marseille, André Chevallier, le fondateur de l’Institut national d’hygiène (INH), l'ancêtre de l'Inserm. A la Libération, le ‘Centre national de coordination des études et recherches sur la nutrition et l'alimentation’ dirigé par son fidèle collaborateur Emile Terroine donnera l’un des premiers laboratoires propre du CNRS (8).

La défaite de la France a conduit André Mayer et Jean Perrin sur les routes de l’exil. En 1942, alors que le physicien décéde à New-York où il s'était réfugié, le physiologiste est rayé des cadres dirigeants de l’IBPC en catimini, conséquence des mesures d’aryanisation exigées par les autorités d’occupation et alors que l’Institut est menacé de réquisition par la fondation pour l’étude des problèmes humains d’Alexis Carrel. Installé aux Etats-Unis avec les siens, André Mayer participe à la mission scientifique du mouvement ‘Free French’ animée par Rapkine. Fort de ses contacts avec les physiologistes anglo-saxons, il rencontre Eleonor Roosevelt à laquelle il demande de soumettre à son président de mari le projet d’une organisation internationale sur l’alimentation et l’agriculture. En 1943, il participe à la conférence de Hot Springs où est décidé l’ouverture de l’‘United Nations Refief and Rehabilitation Administration’ (UNRRA), un organisme appelé à tenir un rôle majeur dans l’approvisionnement alimentaire de l’Europe d’après-guerre. Puis, en octobre 1945 il est élu premier président de la ‘Food & Agriculture Organization’ (FAO) établie sous l’égide de l’Organisation des Nations Unies. De cette position, il est amené à intervenir en France pour épargner au directeur de l’INH, André Chevallier, les foudres des comités d’épuration mis en place à la Libération. Le ministre communiste François Billoux ayant déclaré que quatre années d’occupation avaient laissé « …les trois quart de la population française en état de grande détresse alimentaire », Mayer met en garde le Gouvernement provisoire contre le risque de leurrer les Alliés sur l’état réel du pays en matière d’approvisionnements. D’autant souligne t-il, que les services sanitaires de l’US Army ont procédé à des enquêtes sur les conditions de vie dans les régions libérées dont les résultats corroborent celles menées par l’INH sous l'occupation et tendent à conclure qu'en France la situation fut loin d’avoir été aussi dramatique que dans d’autres pays. Septuagénaire, André Mayer retrouve la direction de son laboratoire du Collège de France et il donne sa démission officielle de l’IBPC qu’il ne reprendra qu’en 1953, trois ans avant son décès survenu au retour d’une mission d’étude qui l’a conduit au Sénégal.

III - Henri Longchambon, la mobilisation scientifique

Henri Longchambon est le cadet de trois frères normaliens dont le père, modeste employé d'octroi, avait réussi à accéder au poste d'appariteur à la Faculté des sciences de Clermont-Ferrand. A l’âge de 17 ans, il intègre une prépa au lycée Saint-Louis. Engagé en 1915, il fait une belle guerre comme commandant d’une batterie de mortiers, les redoutables crapouillots. Démobilisé, il est reçu aux concours de Polytechnique et de l’École normale supérieure, mais il choisit la seconde suivant un penchant qui le pousse vers l’enseignement plutôt que le métier d’ingénieur qu'il ne dédaigne pas pour autant, on va le voir. Préparateur dans le laboratoire de minéralogie de Charles Mauguin à la Sorbonne, Henri Longchambon développe les techniques nouvelles de radiocristallographie par rayons X. Avec l'aide de Jean Wyart, un condisciple formé à l'analyse des images de diffraction qui le suivra au CNRS, il soutient une thèse sur la rupture des réseaux cristallins à l’origine du phénomène de triboluminescence.

En 1927 Henri Longchambon est nommé à la chaire de minéralogie de la faculté des sciences de Lyon où les relations avec l'industrie n'ont rien d'exceptionnel. Il travaille sur l'exploitation des pyrites nécessaires à la fabrication de l'acide sulfurique pour le compte de la ‘Société des Terres Rares’ de Georges Urbain. Il bénéficie du soutien de la nouvelle 'Caisse nationale des sciences' pour dresser avec le minéralogiste Pierre Lapadu-Hargues la carte des gîtes métallifères de Lozère. L’historienne américaine Mary-Jo Nye a analysée cette caractéristique des facultés provinciales au début du vingtième siècle, consistant comme à Lille, à Lyon, à Toulouse ou à Nancy, à entretenir des liens étroits avec les milieux industriels (9). Elles ont permis à certains universitaires d’atteindre une notoriété internationale, comme Paul Sabatier à Toulouse et Victor Grignard à Lyon, tous deux récompensés par le Nobel de chimie 1912. Or, si les Usines du Rhône, Saint-Gobain ou Berliet n’hésitent pas à financer des chaires et les laboratoires de la faculté des sciences lyonnaise, de telles pratiques sont jugées sans aménité dans le monde académique parisien. L’historien Christophe Charle signale les réticences du doyen Appell à propos de la formation d'ingénieurs chimistes à l’université de Lyon : «…en substituant au diplôme de chimiste qu'elle délivrait d'abord, celui d'ingénieur chimiste, non seulement on ne voit pas où cela va la mener, mais en agissant de la sorte, on fait tort aux enseignement élevés" (10). En 1936 à quarante ans, Longchambon est nommé au décanat de la faculté des sciences lyonnaise où il succède à Victor Grignard. Le plus jeune doyen de France caresse alors le projet de réaliser une liaison plus étroite de la science pure et de la technicité écrit son biographe Gwanaël Kropfinger. Convaincu du rôle que doit tenir l’université dans la formation des ingénieurs, il installe une école destinée à former des cadres pour l’industrie.  Accompagné de Georges Villiers, le futur président du Centre national du patronat français (CNPF), il va étudier les méthodes d’orientations professionnelles utilisées en Suisse. En même temps, comme responsable de la section lyonnaise de l’'Union rationaliste', il noue des liens d’amitié avec Henri Laugier qui le convie à visiter le Centre de formation professionnelle des chemins de fer de l’Etat à Viroflay. Cette relation va mener le jeune doyen aux manettes d’un organisme scientifique national.

Au printemps 1938, alors que l'Anschluss trahit les visées expansionnistes du troisième Reich, Jean Zay se préoccupe de préparer la mobilisation scientifique du pays. L’installation d'un ‘Centre national des recherches scientifiques appliquées’ (CNRSA) est décidée afin de remplacer un ’Office national de la recherche scientifique et des inventions’ créé par le sénateur Jules-Louis Breton à Meudon Bellevue. Au lendemain de la Grande Guerre, cet office issu de la transformation d’un Service des inventions intéressant la défense nationale s’était surtout préoccupé de développer les Arts ménagers, au prix d’une gestion jugée opaque par la Cour des comptes. Responsable d’une Commission des offices instaurée en 1935 pour réduire les dépenses de l'Etat, le conseiller Pierre de Calan expose un point de vue opposé à celui exprimé par le directeur des Enseignements supérieurs (cf. supra) : «on peut regretter qu'il n'existe pas encore en France, auprès du Président du Conseil, une véritable organisation administrative à laquelle puissent être rattachés certains services généraux..../ Tel pourrait être à l'avenir le cas des services de la recherche scientifique. Il est essentiel que dans la répartition des crédits affectés à la recherche scientifique, la voix des représentants qualifiés de l'Etat soit toujours sûre d'être écoutée…/ (A l'avenir), cette aide devrait répondre à un plan, à un but national…». 
Ainsi, en 1938 l’ONRSI cède la place au 'Centre nationale des recherches scientifiques appliquées' (CNRSA) à la tête duquel Jean Zay souhaite placer un homme apte à concilier les milieux  scientifiques et industriels. Il rencontre Ernest Mercier (Union d'Électricité), Raoul Dautry l'ancien directeur des chemins de fer de l'Etat, Auguste Detœuf (Alsthom) du groupe X-Crise. En définitive, sur la recommandation d’Henri Laugier, le poste revient à Henri Longchambon. L'intéressé quitte Lyon pour s’installer au 'Service de la recherche', au quatrième étage d’un immeuble du Quai d'Orsay, le futur siège du CNRS. Il est assisté de quatre chargés de mission, Jean Wyart, Georges Champetier et Felix Trombe, auxquels il demande de dresser un inventaire des laboratoires français. Leur enquête révèle l’état léthargique de la recherche universitaire : «un flot de chercheurs individuels et de laboratoires plus ou moins officiels, tous en quête fiévreuse d’un complément de subvention, s’offrant à entreprendre n’importe quel problème, mais prêts le plus souvent à aucun » (11).

Des émissaires sont envoyés à l’étranger pour investiguer des modes d'organisations de la recherche scientifique. Jules Guéron, le futur directeur de la chimie au CEA, va étudier le fonctionnement du ‘Department of Scientific and Industrial Research’ (DSIR) britannique dont veut s'inspirer Longchambon : « si on veut bâtir une organisation économique réfléchie et judicieuse, la base de départ la plus rationnelle pour l’organisation des recherches scientifiques appliquées est le problème à résoudre ». Ainsi, l’un des premiers programmes du CNRSA concerne le ‘Laboratoire d'analogies électriques’ où le mathématicien Joseph Pérès est convié à développe des méthodes de modélisation destinées à l'industrie aéronautique. Il donnera après la guerre l’'Office national d’études et de recherches aéronautiques' (ONERA). De même, pour combler le retard français en matière de radionavigation, le CNRSA confie au physicien Yves Rocard qui travaille avec la Cie. Générale de télégraphie sans Fil' (CSF), le développement des  hyper-fréquences pour le radio-guidage des avions. Une commission chimique cherche à compenser le retard dans le domaine des matières plastiques dont la France ne représente alors que 4% de la production mondiale. Les sciences sociales ne sont pas oubliées, une commission d'économétrie créée par François Divisia du groupe X-crise tiendra un rôle pionnier dans le développement de cette discipline. Enfin, le physicien Pierre Auger se voit confier le soin d’installer un service de documentation censé fournir à la communauté scientifique les microfiches de publications scientifiques étrangères, y compris allemandes. Sous la direction de Jean Wyart celui-ci deviendra le 'Centre de documentation scientifique et technique' du CNRS, resté actif jusqu’à nos jours.

Au lendemain de la déclaration de guerre, Jean Coutrot du groupe X-crise propose une réforme susceptible de «tirer un rendement plus élevé de la recherche scientifique» (12), autrement dit, selon le terme utilisé à l'époque, de coordonner l'activité de l'ensemble des laboratoires français. Dans la plus grande discrétion, un décret publié au Journal Officiel du 19 octobre 1939 annonce la fusion du 'Service de la recherche', de la 'Caisse nationale de la recherche scientifique' et du CNRSA sous le sigle unique de ‘Centre national de la recherche scientifique’ (CNRS). Chargé de la coordination de la recherche dans un contexte de mobilisation, le CNRS est animé par une direction bicéphale, Laugier pour la recherche fondamentale, Longchambon pour ses applications : « ce duo était très amusant tant leur caractère était différent se souvient Jean Wyart, autant l’un (Longchambon) était un fonceur qui provoquait les réactions parfois violentes de ceux qu’il bousculait, autant l’autre (Laugier) était un arrangeur qui manœuvrait tout en finesse politique». Dans l'immédiat, cette disposition répond aux contraintes de la mobilisation scientifique.
Pour l'heure, Henri Longchambon est devenu le patron d’un CNRS théoriquement bicéphale. Il lui revient d'organiser la réquisition des laboratoire et de leur personnel, ce qui ne manque pas de provoquer mult protestations des milieux universitaires. Le physicien Louis Néel spécialiste du magnétisme se souvient de la manière dont Longchambon le charge d’évacuer la faculté de Strasbourg : «(il) envoyait des avis de réquisitions absolument magnifiques, sans se préoccuper de la moindre hiérarchie, sans s'occuper de l'avis des doyens des facultés des Sciences, ce qui avait donné lieu à des frictions considérables. Il m'avait expédié à Strasbourg sans en référer à l’astronome André Danjon, le doyen de la faculté des sciences dont je dépendais. Mais ni le recteur de l’université de Clermont-Ferrand où celle de Strasbourg s’était repliée, n'avaient été prévenus, moyennant quoi le CNRS s’était retrouvé accusé de cambriolage. Nous avions forcé les bureaux des professeurs pour ramener tout ce qui était dans les armoires que l’on avait chargé dans trois wagons de marchandise destinés à Meudon Bellevue ». Puis la Marine demande au CNRS un spécialiste du magnétisme pour s'occuper des mines magnétiques allemandes mouillées en mer du Nord, « ...en janvier 1940, Les marins m'ont collé le grade de capitaine de corvette, ce qui a beaucoup amusé Longchambon. J’ai donc fait la navette entre Toulon, Dunkerque, Lorient, Brest ou Cherbourg pour installer des stations de démagnétisation qui se sont révélé très efficace puisque la Marine n'a perdu aucun bateau». Après s'être s’échappé à pieds du siège de Dunkerque et au terme de péripéties rocambolesque, Louis Néel installera à Grenoble le ‘Laboratoire d'électrostatique et de physique du métal’ (cf. infra).
Des dispositions prévues pour que la mobilisation des chercheurs permettront d'éviter l'hécatombe subie un quart de siècle plus tôt. Une commission des affectés spéciaux propose aux Armées la liste des scientifiques dont la présence est estimée plus utile derrière leur paillasse que dans les casemates de la ligne Maginot. Si on ajoute à un total de 228 affectés spéciaux, les 650 requis non déplacés de leurs laboratoires, les effectifs mobilisés sous l'autorité du CNRS atteignent 1200 personnes, ceux d'un régiment note le journal Paris-Midi (13). Une question délicate se pose à propos de l'emploi des scientifiques fraîchement immigrés. Emile Terroine suggère la création d'une légion étrangère scientifique, mais qui ne pourra voir le jour avant la débâcle. Ces requis sont affectés dans les 139 laboratoires mobilisés, 11 en mathématiques, 45 en physique, 36 en chimie, 33 en sciences naturelles et 14 en biologie médicale, réunis dans 20 groupes régionaux, dont 6 à Paris. Parmi ces derniers, le 'GR 1' dirigé par Frédéric Joliot regroupe le cyclotron au Collège de France, le Laboratoire de synthèse atomique et l'Institut du radium.

La recherche atomique représente une réalisation majeure à porter au crédit du tout jeune CNRS, notamment grâce aux travaux menés au 'Laboratoire de synthèse atomique' installé à Ivry s/Seine par Frédéric Joliot et son équipe.  Les expériences réalisées avec deux chercheurs fraichement naturalisés, Hans Halban et Lew Kowarski, un diplômé de l’École de chimie industrielle de Lyon reocmmandé par Jean Wyart, confirment la possibilité de provoquer une réaction en chaine, autrement dit d'exploiter la réaction de fission nucléaire. Selon l’historien Dominique Pestre, l’équipe Joliot bénéficie alors d’environ 2% de l'ensemble des crédits alloués à la recherche française, tandis que son collègue Spencer Weart place les publications des atomistes français au deuxième rang dans le monde, derrière les Etats-Unis (14). Au printemps 1939, trois brevets sont déposés au nom du CNRS, le premier sur un dispositif de production d'énergie, un autre sur la stabilisation du dispositif précédent et le troisième sur des perfectionnements aux charges explosives, autrement dit une bombe atomique. Raoul Dautry, le ministre de l’Armement qui soutient ce programme finance l’achat d’oxyde d’uranium et de l’eau lourde, le modérateur de la réaction en chaine, tandis qu'une convention notariée passée avec le CNRS donne naissance à une ‘Société anonyme pour l'exploitation de l'énergie atomique’, une sorte d'ancêtre du Commissariat à l'énergie atomique. En juin 1940, les atomistes sont évacués vers Clermont-Ferrand ou Henri Longchambon propose d'installer une pile expérimentale (15). Mais la défaite coupe court à ce premier programme atomique lancé dans le monde. Une semaine avant la signature de l’armistice, Halban, Kowarski et Longchambon s'embarquent pour l'Angleterre avec le stock d’eau lourde, tandis que Joliot qui a décidé en rester en France reprend ses activités dans le Paris de l'occupation.
En gagnant l'Angleterre après avoir délégué la direction du CNRS au doyen de la faculté des sciences de Bordeaux (J. Mercier), les directeurs du CNRS sont accueillis à Londres par Lord Suffolk (Charles Howard) le représentant du ‘Department of Scientific and Industrial Research’. Au lendemain de l'armistice, tandis que Laugier gagne les Etats-Unis et rejoint le mouvement 'Free French', Longchambon Informe ses interlocuteurs britanniques qu'il met un terme à la mission du CNRS installée en Angleterre un an auparavant. En juillet 1940, il embarque avec le personnel de l’ambassade pour être rapatrié en France via Lisbonne. Il est reçu à Vichy par Marcel Déat son condisciple normalien qui vient de voter les pleins pouvoirs au maréchal Pétain. Celui-ci plaide en faveur de ce "...transfuge manqué ou gaullistes en puissance" (sic) et le physicien regagne la faculté des sciences lyonnaise. Entré en résistance aux côtés d’Yves Farge, il accueille les jeunes réfractaires du STO dans les bois de Chapdes-Beaufort où il a fait installer des fours de carbonisation destinés aux moteurs à gazogène, un berceau des maquis d'Auvergne.

IV - L’improbable coordination scientifique

Malgré les menaces pesant sur l’existence d'un CNRS fustigé comme une emanation du Front populaire, en août 1940 le géologue Charles Jacob est nommé à la tête d'un organisme dont il a su plaider à Vichy l’utilité dans un pays occupé, victime de nombreuses restrictions. Non sans des difficultés liées à l’émigration de chercheurs, au souci de préserver son personnel des mesures antisémites et aux pénuries de matières premières, le CNRS assure son soutien aux recherches suscitées par les difficultés de l'heure : ersatz alimentaires, conservations des aliments, carburants de substitution, etc. Mais aussi développement des radio-isotopes à usage médical, physique des ultra hautes pression, cristallographie par rayons X, étude des rayons cosmiques, voire archéologie métropolitaine (16). A la Libération alors que la directeur du CNRS nommé par Vichy est remercié, dans une capitale en pleine insurrection, Frédéric Joliot est nommé directeur du CNRS par ses camarades du 'Front national universitaire' d’obédience communiste. Comme ses prédécesseurs, Longchambon et Jacob, Joliot est persuadé de l'intrication nécessaire de la recherche fondamentale et des applications.  Ostracisé par les Américain du fait de ses contacts avec les Allemands dans le Paris de l'occupation (17), il confie à Louis Rapkine qui s'était occupé des scientifiques français exilés pendant la guerre, le soin d'organiser à Londres un 'Groupe de recherches opérationnelles’ pour s'informer des travaux menées par les Alliés en matière d’électronique, de fabrication de pénicilline ou de plasmas sanguins. Le CNRS patronne aussi une mission de récupération de matériel scientifique dans les zones d’occupation françaises en Allemagne et en Autriche. Un radar Würzburg est affecté aux astrophysiciens de l’observatoire de Meudon, une soufflerie aéronautique saisie dans les Alpes autrichiennes est remontée à Modane, etc.

Cependant, Frédéric Joliot se trouve rapidement confronté à la double nature du CNRS, d'un côté la caisse des sciences attachée à l'Education nationale voulue par Jean Perrin, de l'autre l'opérateur chargé depuis 1939 de coordonner l'ensemble des activités scientifiques du pays, selon un mode dont le 'Manhattan project' vient de révéler toute l'ampleur en Amérique. Lorsqu'il évoque devant son comité directeur (futur directoire du CNRS) la mission de coordination confiée à l'organisme, Joliot se heurte à un front d'universitaires soucieux de maintenir l’organisme dans le giron de l’Education nationale. Bien qu'il partage avec lui son adhésion au Parti communiste, le biologiste Marcel Prenant  se fait l'avocat de la liberté nécessaire à la recherche fondamentale dont lui et ses collègues s'estiment avoir été indûment spoliés par la mobilisation scientifique. De même, les universités de province font remonter leurs inquiétudes vis-à-vis des initiatives prises par Longchambon au début de la guerre.
Les archives du CNRS ont gardé les procès-verbaux d'une réunion du comité directeur tenue au mois de septembre 1944. La proposition de nommer Maurice Ponte dans cette instance, le patron de la CSF, est récusée par Paul Langevin au prétexte "...qu'il (serait) temps que le CNRS cesse de faire des cadeaux à l'industrie". En octobre, Joliot rend compte au comité directeur d’un entretien qu'il vient d'avoir avec le ministre de l'Education nationale, le juriste René Capitant, lequel lui a confirmé l'intention de maintenir le CNRS sous la tutelle de l’Education nationale  : «Je pense dit Joliot, que le CNRS aurait dû dépendre de la présidence du conseil plutôt que de l'éducation nationale.
- La présidence du Conseil est le pôle auquel veulent être rattachés la recherche, les archives et les sports" rétorque le professeur de psychologie Henri Wallon qui l’a porté à la tête du CNRS deux mois plus tôt. "Je me demande s'il n'y a pas quelques illusions sur l'efficacité d'une telle mesure.
- J'ignorais que Matignon était le pôle en question répond Joliot, mais je sais que nos labos sont pauvres parce qu'ils n'ont pas suffisamment de relations avec l'industrie. Il vaudrait mieux alors transformer le CNRS en commissariat ". Intervient alors le philologue Mario Roques : «Je suis d'accord avec Wallon, la présidence du conseil c'est trop politique. De plus, imaginez que les sports prennent le pas sur la recherche (!)». Une ordonnance du 20 novembre 1944 confirme donc le CNRS comme l’une des directions du ministère de l'Education nationale (18).
Dès l'occupation, ce problème de tutelle a suscité la création de divers organismes à l'initiative d'administrations techniques soucieuses de disposer de leurs moyens de recherche. L'Institut national d’hygiène' (INH) est installé par le secrétariat d'Etat à la Santé en 1941, l’Office des recherches scientifiques des territoires d'outre-mer (ORSTOM, aujourd'hui IRD) par les Colonies en 1942, non sans susciter les protestations de Charles Jacob, le directeur d'un CNRS théoriquement chargé de coordonner l'ensemble de la recherche publique. Quant au 'Centre national d'étude des télécommunications' (CNET) inauguré en mai 1944, il est placé d’emblée sous tutelle interministérielle. D'autres organismes sont créés à la Libération tel l''Institut national de recherche agronomique' (INRA) à l'Agriculture ou l'’Institut national d’études démographiques' (INED) qui fait suite à la 'Fondation Carrel’ et bien sur le 'Commissariat à l’énergie atomique' (CEA) en octobre 1945, directement rattaché au chef du gouvernement, le général de Gaulle, qui place Frédéric Joliot et  Raoul Dautry à sa tête (18b).

En janvier 1946, le généticien Georges Teissier succède à Joliot à la direction du CNRS. Ce cévenol austère, universitaire tôt entré en Résistance, avait été placé à ses côtés par le Parti communiste. Cette nomination marque le retour de l’organisme à sa fonction de caisse des sciences telle que voulue par Jean Perrin. Prenant  le contrepied de son prédécesseur, Teissier affirme la priorité qu’il compte donner à la recherche fondamentale :  "Un reproche souvent fait aux scientifiques français est d'avoir résolument ignoré la science appliquée. Mais il ne faudrait pas que, tombant d'un excès dans l'autre, on sacrifie au bénéfice de la recherche technique, la recherche pure qui, seule, prépare l'avenir.../ Certains songeaient qu'une assimilation à l'industrie eût été préférable, dit-il. Il est fort heureux que cette opinion, qui n'a d'ailleurs jamais eu que peu de partisans, n'ait pas prévalu. Elle eût séparé définitivement les chercheurs de l'Enseignement supérieur…/ Il faut sans aucun doute développer la recherche technique redoutablement déficiente chez nous, mais il ne faut pas que son développement ait priorité sur celui de la recherche scientifique. Il ne faut pas qu'une politique stupidement utilitaire prétende discriminer parmi les disciplines scientifiques, celles qui sont rentables et celles qui ne le sont pas. Il ne faut pas, enfin, que le contrôle nécessaire de ces activités de recherche soit abandonné aux financiers ou aux économistes" (19).
Pour ce faire, Teissier entend s'appuyer le comité national de la recherche scientifique, issu de la transformation en novembre 1945 du conseil supérieur de la rechercher. Comme ce dernier, le rôle du comité national sera de recruter le corps de chercheurs attachés au CNRS. En l'occurrence, le principal changement est d'ordre sémantique : "le nom de boursier ne nous plaît pas, avait dit Joliot, (ils) deviendront des 'attachés'. Les candidats chercheurs ne doivent pas avoir l'impression qu'ils sollicitent une faveur, mais que leur rémunération est la contrepartie d'une activité primordiale au point de vue national". Une nomenclature calquée sur celle de la hiérarchie universitaire est adoptée, attachés et chargés de recherche', 'maîtres' et 'directeurs de recherche', correspondant aux chargés de cours, maîtres de conférence et professeurs de l'enseignement supérieur. Teissier prévient que le comité national devra procéder à l’évaluation des chercheurs, une disposition dont l'absence avait été déplorée avant-guerre, la qualité hétérogène des huit cents premiers boursiers du CNRS ayant nourri la critique. "En contrepartie du soutien que le CNRS accordera aux chercheurs, nous avons la ferme intention de manifester envers eux moins de complaisance que par le passé» prévient le nouveau directeur (20).  
Véritable parlement de la science élu par la communauté savante, le comité national est divisé en trente sections correspondant à la nomenclature des chaires universitaires. A partir des années 1950, il sera renouvelé tous les quatre ans, se réunissant deux fois par an, d’abord en session de printemps pour examiner les candidatures et évaluer l'activité des chercheurs, à l’automne ensuite pour l’affectation des moyens budgétaires et du personnel d'ingénieurs, techniciens et administratif (ITA) aux laboratoires. Compte tenu de l'intimité de ses liens avec le monde académique mis en évidence par Christophe Charle, l'attaché de recherche sera souvent le thèsard d'un universitaire remarque Jean-Christophe Bourquin, souvent le patron du laboratoire auquel il est attaché.

V - Recherche & Développement

A la Libération, les relations d’Henri Longchambon avec le CNRS se sont distendues. Commissaire de la République de la région Rhône-Alpes à la succession d’Yves Farge, au printemps 1946 il est nommé ministre du Ravitaillement. Élu au Sénat l’année suivante pour représenter les Français de l'étranger, il s’inscrit au groupe du ‘Rassemblement des gauches républicaines’. Resté professeur à l’université de Lyon, il est aussi administrateur d’une filiale de ‘Thann et Mulhouse’ une entreprise chargée de l’extraction de titane. Il participe avec Henri Malcor, le patron de l’’Institut de recherche de la sidérurgie’ (IRSID), à la commission du deuxième Plan chargée de la recherche et du développement, la fameuse 'R&D' devenue la mantra de la modernisation, «trop souvent, on constate l'incompréhension mutuelle des savants et des techniciens. Trop souvent dans notre pays, la pensée reste séparée de l'action..../ Or, la recherche doit devenir un des facteurs non négligeables de l'accroissement du revenu national. Il faut que savants et techniciens redeviennent des exportateurs d'idées» (15). Ces prises de position lui valent évidemment l’opprobre de certains collègues, comme Marcel Prenant qui n'hésite pas à le qualifier "...d’homme d'affaires plus que professeur» (21).

Quand Pierre Mendès-France devient président du Conseil en juin 1954, il installe un secrétariat d'Etat à la recherche que, sur les conseils d’Henri Laugier, il confie à Henri Longchambon. Lors de l’inauguration du centre de recherches de Péchiney, celui-ci précise ses intentions : «je suis prêt à aider les entreprises à développer leurs recherches en assouplissant les règles de la fonction publique, en permettant l'échange de personnel entre le secteur public et le secteur privé, en définissant avec précision les recherches d'intérêt national, en adoptant des textes fiscaux permettant aux entreprises de consacrer une partie  de leur chiffre d'affaires à la recherche fondamentale» (22). Si ce secrétariat d’Etat dispose d’une délégation de pouvoirs théorique sur les établissements publics de recherche, en réalité ses moyens d’actions, notamment budgétaires, restent limités. Afin de pallier ce handicap, il réunit un ‘Conseil supérieur de la recherche scientifique et du progrès technique’ (CSRSPT) afin de permettre aux  milieux universitaires de se rapprocher du monde économique. Ce Conseil compte des scientifiques de renoms comme Louis Leprince-Ringuet, Louis Néel, Yves Rocard et Jean Wyart, les chimistes Charles Sadron et Alfred  Kirmmann ou l’historien Lucien Febvre, aux côtés de grands patrons de l’industrie tels Léon Denivelle (Sté Potasse et Engrais chimiques), Alfred Landucci (Kodak-Pathé), l’actif responsable d’une commission chargée de de la formation des ingénieurs de recherche, René Perrin (Ugine), Maurice Ponte (Thomson-CSF) ou Pierre Piganiol (Saint-Gobain) que l’on retrouvera plus tard premier délégué général de la recherche scientifique et technique.

L'idée d'un colloque sur l'université et la recherche naît de la réunion de quelques grands scientifiques, politiquement proche des milieux mendésistes, le mathématicien André Lichnérowicz, les physicien Alfred Kastler et Edmond Bauer, les pasteuriens Jacques Monod et François Jacob, le professeur de médecine Jean Dausset et de l'activité de l’ancien directeur de cabinet du président Mendès-France, Jean-Louis Crémieux-Brilhac. En octobre 1956, le discours inaugural de Mendès, auquel a contribué Monod, évoque l’esprit de la recherche libre dans lequel est organisé cette manifestation : "la recherche fondamentale, source de toute invention s'étiole, se réduit de jour en jour. Il semble, en effet, que les progrès décisifs accomplis après la guerre, en physique nucléaire, en physiologie, en génétique, etc., l'aient été en dehors de nous…/ La priorité doit donc être donnée à la recherche fondamentale, dont le cadre de développement principal doit être l'Université qui est le substrat naturel d'une recherche libre, spéculative et désintéressée" (23). Telle est la position partagée par Bauer, Monod et Lichnérowicz. Mais la pénurie de scientifiques dont pâtit la France commande l’adoption d'un programme d'expansion accompagné d'une profonde réorganisation des universités qui pourrait, selon Jacques Monod, s’inspirer du fonctionnement de leurs homologues nord-américaines. Par exemple, il conviendrait de créer un corps d'enseignants-chercheurs facilitant le passage en souplesse de l'université vers la recherche et vice versa. Concernant l’organisation de la recherche scientifique, deux thèses s’opposent. Dans un rapport où il propose la création d’instituts dotés d’objectifs spécifiques, le chimiste Charles Sadron dénonce le risque de faire de la recherche «…une fonction mineure s'accomplissant à l'ombre de l'enseignement». Ce à quoi le physicien Alfred Kastler réplique en arguant de son expérience passée : "lorsque la recherche et ses applications furent fondues dans le CNRS de 1939, ce le fut au détriment de la science pure" (24). En définitive, le colloque se conclut sur le vœu que la recherche scientifique reste amarrée à l'enseignement supérieur.
Pardoxalement, alors que la recherche médicale relève par essence des applications plutot que de recherches fondamentales, ce sont les facultés de médecine qui tirent le plus grand profit des résolutions discutées et adoptées à Caen. Le rapport présenté par Robert Debré et Jean Dausset suscite la réunion d’un comité interministériel qui aboutira à la réforme hospitalo-universitaire de 1958 et à sa suite à l'essor de la recherche médicale. A l'inverse, les autres universités, sciences, lettres, droit, se trouvent confronté à un phénomène de massification qui va compliquer leurs relations avec le CNRS dont on note d'ailleurs l'absence à Caen. Son directeur, Gaston Dupouy  méfiant vis-à-vis d'un comité national qu'il juge dominé par les universitaires, a décidé d'installer deux laboratoires propres sans requérir son avis, celui d’optique électronique qu’il dirige à Toulouse ou le Phytotron de Gif sur Yvette.
Pour sa part, la professionnalisation de la recherche fait un pas décisif avec l’apparition d’un syndicalisme spécifique. A la suite d’une scission au opérée au sein de la Fédération de l'Education nationale (FEN), le 'Syndicat national de l'Enseignement supérieur' (SNES'up) se sépare du 'Syndicat national des chercheurs scientifiques' (SNCS) organisé par le pasteurien Raymond Dedonder qui a assisté au colloque de Caen. Aux élections du comité national en 1957, le SNCS obtient 63 des 69 sièges à pourvoir, un événement appelé à peser dans les futures relations de la recherche et de l'enseignement supérieur.

En contrepoint de Caen, Henri Longchambon organise à Grenoble l’année suivante un colloque ‘recherche et industrie’ pour lequel il obtient le soutien financier de Raymond Cheradame, le directeur du’ Centre de recherche des charbonnages de France’ (CERCHAR). A cette occasion, il rappelle que la production d’ingénieurs est un élément essentiel du développement économique et social du pays en citant l’exemple du ‘Massachusetts Institute of Technology’ « …où les étudiants sont recrutés sur tests, mais dont nul ne conteste qu'il ne constitue l’une des meilleurs écoles d'ingénieurs du monde ». Son souci de ne pas laisser la formation des ingénieurs aux seules grandes écoles se concrétise avec la création de l’’Institut national des sciences appliquées’ (INSA). L’entreprise est menée avec le soutien de René Billières le ministre de l’Education nationale et du directeur de l’Enseignement supérieur, le philosophe Gaston Berger. Présenté dans le journal ‘Le Monde’ en octobre 1956, l’INSA devrait démocratiser la formation des ingénieurs. « Passé le baccalauréat on voit les (élèves) les plus vaillants s'épuiser dans la course folle aux concours des grandes écoles, cependant que près des deux tiers des candidats se voient ajourner à la propédeutique scientifique dit Longchambon. Ainsi, le pays qui manque le plus gravement de cadres techniciens s'offre le luxe d'écarter chaque année mille cinq cents des deux mille trois cents étudiants attirés par la licence de sciences!  Pour donner à ces réprouvés une formation à la mesure de leurs aptitudes et accueillir les enfants d'ouvriers, il faut accroître les possibilités d'accueil de notre enseignement scientifique en créant des écoles nouvelles…/ Sans concours d'entrée, (l’INSA) accueillera chaque année un millier de bacheliers de mathématiques : les meilleurs en sortiraient ingénieurs après cinq ans d'études et les autres deviendraient, au bout de trois ans, les techniciens supérieurs dont le besoin n'est pas moins pressant…/ La sélection des élites telle que la pratiquent les grandes écoles doit être poursuivie, mais elle ne doit pas exclure l'éducation de masse, (car) la formule des barrages successifs par concours ne suffit plus " (25). L'INSA est implanté dans le quartier de la Doua à Lyon grâce à l’intervention du Crédit lyonnais. Dans le conseil d’administration qu’il préside, Henri Longchambon accueille Pierre Lombard (Rhodiaceta), l’Ingénieur général Roger Schwob du ministère de l'Industrie, Francis Closon (INSEE) et Pierre Massé, le président d’EDF et futur haut-commissaire au Plan. Une première promotion de trois cent élèves est accueillie en novembre 1957. L’institut est divisé en trois départements, chimie (chimie industrielle, plasturgie et biochimie), physique (électronique, électrotechnique appliquée et génie physique), mécanique (génie des procédés). Fort de sa réussite, l’INSA a gardé jusqu’aujourd’hui un mode de recrutement socialement plus ouvert que les grandes écoles, même s’il tend à s’inscrire progressivement dans la hiérarchie sélective de celles-ci. En revanche, selon une disposition qui lui est propre, il intègre en son sein le cycle de formation dévolu ailleurs aux classes préparatoires.

Henri Longchambon a en matière nucléaire le même rôle d’incitateur que celui qui fut sien au CNRS. En tant que sénateur, il est l'un des rapporteurs, avec le député Félix Gaillard, du Plan quinquennal de l'énergie atomique mis en œuvre par le CEA en 1952. En parallèles avec les recherches de bases menées au Commissariat, il se préoccupe d'équiper l’université d'accélérateurs de particules et œuvre pour doter l’université d’Orsay d’un synchrocyclotron. Également soucieux d’associer les industriels au développement de l’énergie nucléaire, en 1957 il organise des journées d’études au Conservatoire national des Arts et Métiers auxquelles sont conviés les représentants de Saint-Gobain et de l’Alsacienne de constructions mécaniques (SACM) pour les centrales nucléaires, de Penhoët-Loire pour la propulsion navale, de Péchiney et de Kuhlmann pour le traitement du minerai d’uranium. A la demande d'EDF, la  pile G1 du centre CEA de Marcoule vient d'être dotée  d'une installation de récupèration d'énergie, un prototype de centrale électro-nucléaire (25b).
Quelle a été sa position concernant l’arme atomique? En tant que secrétaire d'État à la recherche Longchambon a assisté au conseil interministériel consacré à l'utilisation militaire de la désintégration nucléaire, réuni au Quai d’Orsay par le président Mendès-France le dernier dimanche de l’année 1954 (26). La première bombe atomique explosera au Sahara six ans plus tard suscitant le «Hourra pour la France ! » du général de Gaulle. A cette occasion Longchambon rappelle les circonstances de la décision prise quelques années plus tôt : « En 1954, le gouvernement dont je faisais partie a délibérément orienté les travaux de nos ingénieurs et de nos chercheurs vers la réalisation, par des moyens français, de la bombe atomique, réalisation qui paraissait devoir aboutir vers la fin des années cinquante. Il l'a fait silencieusement, son désir étant que la situation internationale évolue vers la suppression de cette arme et rende inutiles nos propres efforts en ce sens. Mais son devoir était aussi de ne pas laisser notre pays indéfiniment désarmé dans cette compétition où se complaisaient alors trois autres pays » (27).

En 1957, dans le dernier rapport d’activité du Conseil supérieur de la recherche scientifique et du progrès technique, Henri Longchambon annonce ce que devrait être une politique scientifique organisée comme une entreprise collective, articulée autour de compétences pluridisciplinaires : « je suis convaincu que la possibilité de découvrir des choses intéressantes ne se rencontre plus du côté du chercheur isolé agissant seul. Elle est du côté d’équipes suffisamment nombreuses pour combiner, grâce aux caractéristiques individuelles de chacun, les diverses spécialités, les diverses disciplines, les diverses techniques qui s’interpénètrent et qui doivent collaborer pour multiplier les découvertes …/ Ce travail en équipes demande que nous abattions les cloisons étanches qui existent encore entre les diverses disciplines, entre la science fondamentale, la science appliquée et la réalisation industrielle» (28). Ces dispositions sont appelées à inspirer la politique scientifique de la nouvelle République. Le nouveau régime met certes un terme aux fonctions de Longchambon, un personnage marqué par son appartenance au régime précédent, mais dont l’influence reste intacte souligne Pierre Aigrain, un physicien proche d'Yves Rocard et de Maurice Ponte, qui avait participé à ses côtés à la mise en place du 3ème cycle universitaire et à la thèse de recherche. En matière de recherche-développement, le bilan de la IVème République est donc loin d'être négligeable. Sénateur à vie, Henri Longchambon restera actif sur les questions d’enseignement supérieur dans les pays en voie de développement, jusqu’à son décès survenu en 1969, l’année où le général de Gaulle lance le référendum censé réformer l’auguste assemblée, mais aboutira à son départ.

Revenu aux affaires en 1958, le général de Gaulle a affirmé le souci de redonner au pays les moyens de son indépendance, ce qui implique la relance d’une politique scientifique volontariste, une "ardente obligation" évoquée par le commissaire au Plan, Pierre Massé. La constitution d’une force de frappe nucléaire avec ses appendices (vecteurs, électronique, etc.) nécessite un énorme effort de recherche-développement pris en main par une ‘Direction de la recherche et des moyens d'essais’ (DRME) en relation avec le CEA. Si l'effort budgétaire consenti à ce domaine est pratiquement resté jusqu'à nous jours équivalent à celui consacré à la recherche civile, cette dernière est loin d'avoir été négligée. Un Comité des Sages est réuni au début de 1959 pour préparer la réorganisation du dispositif de la recherche publique. Présidé par Maurice Letort le directeur de la recherche aux Charbonnages de France,  Pierre Aigrain y côtoie Maurice Ponte, Pierre Taranger du CEA, Jean Bernard du CHU Saint-Louis, Paul Germain de l’Académie des sciences, André Lichnérowicz du Collège de France, Raymond Latarjet de l’Institut du radium, Charles Sadron et Felix Trombe du CNRS ainsi que l’historien Louis Chevalier et le géographe René Dumont. En novembre, un décret officialise la constitution sous tutelle interministérielle du ‘Comité consultatif de la recherche scientifique et technique’ (CCRST). Les moyens budgétaires nécessaires à la relance d’une politique de la science sont confiés à une Délégation générale à la recherche scientifique et technique (DGRST) à la tête de laquelle est nommé Pierre Piganiol qui avait appartenu au conseil supérieur de la recherche. A la suite d’une manœuvre à la hussarde qui ne manque pas de surprendre Longchambon, Piganiol fait inscrire à la loi de Finances 1961 le budget civil de recherche et de développement pour un montant d’un demi-milliard de nouveaux francs. Il s’agit d’un effort sans précédent au profit de la recherche scientifique note l’historien Antoine Prost (28b).
Le CCRST et son bras séculier, la DGRST, disposent d’une ‘enveloppe-recherche’ pour lancer des ‘actions concertées’ destinées à irriguer des domaines scientifiques en cours de développement. De manière significative, sur les douze premières lancées en 1959, cinq relèvent des sciences de la vie : 'neurophysiologie et psycho-pharmacodynamie', 'nutrition', 'applications de la génétique', 'cancers et leucémies' et surtout 'biologie moléculaire' dont le pilotage est confié au pasteurien Jacques Monod, lauréat du Nobel de médecine 1965 avec André Lwoff et François Jacob. En rapprochant la biologie et la chimie de la physique, la DGRST joue ainsi un rôle crucial dans l’institutionnalisation de la nouvelle discipline et dans son sillage, à la fécondation de l’ensemble des sciences de la vie.
La nouvelle administration procède à l’installation de nouveaux organismes, tandis que la réorganisation des établissements historiques est envisagée. Le Centre national d'études spatiales (CNES) est créé en 1961 en vue de participer au démarrage de la conquête spatiale marquée par lancement du ‘spoutnik’ quatre ans plus tôt. A la suite des mésaventures d’un 'Plan calcul' lancé en 1964, l’informatique bénéficiera d’un 'Institut de recherche en informatique et automatique' (INRIA) chargé de soutenir le développement d’une industrie française du hardware (CII-Honeywell-Bull). Afin de regrouper l’ensemble des activités halieutiques dispersées jusque-là, l’océanographie qui disposait d’une section du comité national est prise en charge par un ‘Centre national pour l'exploitation des océans’ (CNEXO, 1967), ultérieurement 'Ifremer'. Des réorientations sont demandées aux organismes historiques. La réforme hospitalo-universitaire de 1958 n’ayant pu dégager les moyens nécessaires à la recherche médicale, en 1964 la transformation de l’INH en ‘Institut national de la santé et de la recherche médicale’ (Inserm) est opérée en vue d’investiguer les voies nouvelles de la médecine moléculaire. Enfin, la question se pose de la place du CNRS au sein de cette nouvelle organisation scientifique.

VI – Œcuménisme scientifique

Au printemps 1959, la question est de savoir s’il faut détacher ou non le CNRS de l’enseignement supérieur, autrement dit le libérer des ambiguités posées par sa double mission. Pour son nouveau directeur, le géophysicien Jean Coulomb : «indiscutablement, les créations du CCRST et de la DGRST représentaient un tournant dans l'idée qu'on pouvait se faire du rôle du CNRS. Il est clair que selon la mission qui lui avait été confiée en 1939, l'organisme faisait désormais double emploi avec la DGRST.... / Simultanément, l'idée du président du comité des Sages était de créer un office des instituts nationaux, c'est à dire rassembler toutes les recherches au sein d'un organisme unique comme on l'avait fait pour la physique nucléaire avec le CEA. Or, ce projet faisait peser des graves menaces sur le CNRS et je m'y suis opposé » (28c).  Fort de l’appui des représentants des chercheurs et en misant sur des rivalités inter administratives, Jean Coulomb pare à cette menace de démantèlement. Il peut s’appuyer sur André Boulloche le ministre de l’Education nationale qui ne souhaite pas se séparer de l’organisme chargé de la recherche, tandis que le directeur des Enseignements supérieurs, Louis Capdecomme, refuse de discuter de ses projets d'équipement avec le CCRST. Le Premier ministre ayant tranche en leur faveur, en quelque sorte l'Education nationale vient de sauver le CNRS note l'historien Antoine Prost.
En contrepartie du soutien apporté à cette opération, le Syndicat national de la recherche scientifique (SNCS) obtient la satisfaction de sa principale revendication : un statut des chercheurs.  En décembre 1959, six décrets portant sur la réorganisation du CNRS stipule que les attachés et les chargés de recherche relèvent désormais d’un régime contractuel de droit public, tandis que les maîtres et les directeurs de recherche sont dotés d’un statut de la fonction publique. Ces dispositions confortent les pouvoirs du comité national où les représentants du personnel obtiennent progressivement que la promotion d’un attaché de recherche dans le corps des chargés soit quasi automatique, lors des débats en commission, il s'agira de "...donner la priorité au personnel en n'émettant aucun vote qui puisse aller dans le sens d'un licenciement" (29). En conséquence, les départs d’A.R., c'est-à-dire de boursiers en fin de thèse qui représentaient un flux de 10% dans les années 1950, décroissent pour se stabiliser aux environs de 2% au début des années 1970. Soutenu par une forte hausse des moyens affectés au CNRS, les effectifs de chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnel administratif (ITA) triplent en l’espace de dix ans, passant de 6000 en 1960 à 15000 agents en 1970. Le comité national est devenu un élément incontournable dans le fonctionnement du CNRS.

Malgré leur tutelle commune, les relations n’ont jamais été sereines entre les universités et le CNRS, considéré au mieux comme un prestataire de services à leur profit, au pire dénoncé dans sa volonté «...de domestiquer les élites » (28b). L'installation du couple CCRST-DGRST n'a fait que souligner l'ambiguité d'un organisme qui a "perdu la rente de situation que lui offrait l’absence de concurrence en matière de coordination de la recherche" relève Antoine Prost. Au début des années soixante, à la question de décider si les facultés des sciences doivent former des techniciens pour l'industrie, l’assemblée des doyens fait savoir que "la recherche fondamentale ne saurait être sacrifiée au profit de la recherche spatiale et de l’armement nucléaire", tandis que le Syndicats autonome de l'Enseignement supérieur dénonce un CNRS qualifié «...de cancer qui finira par dévorer l'université" (30). Lorsque le CCRST suggère de confier au comité national le soin d’analyser la conjoncture scientifique, chaque section présente ses propres perspectives de développement. Moyennant quoi l'hétérogénéité du premier rapport de conjoncture publié en 1959 rend problématique toute vue synthétique du progrès scientifique. Le comité national réduit à saupoudrer ses crédits entre une quarantaine de commissions, son souci d’équipartition est d’ailleurs conforté par Alfred Kastler qui évoque «…la nécessité de faire avancer simultanément tous les fronts de la science" (31). Reste que les pouvoirs publics ne se satisfont pas de ce statu quo. En février 1962, l'Inspection générale des Finances lance un audit confié au conseiller Jacques de Chalendar afin d’étudier les moyens de lui rendre son dynamisme. Tout en confirmant sa vocation à soutenir les laboratoires de l'enseignement supérieur quitte à en revoir les modalités, le rapport Chalendar prévoit la possibilité d'attacher directement des instituts nationaux au CNRS, autrement dit de conforter l'organisme dans sa double mission d'opérateur de recherche et de caisse des sciences.

En 1966 inspiré par ce rapport de l'inspection des Finances, le nouveau directeur du CNRS, le physicien Pierre Jacquinot, engage les réformes adéquates. Une première mesure consiste à renforcer l’administration du CNRS en introduisant auprès du directeur général l’assistance d’un directeur administratif issu du Conseil d’Etat (Claude Lasry puis Pierre Creyssel), puis à l’épauler par l’installation de six départements scientifiques. Leur direction est confiée à Hubert Curien pour la physique, à Georges Jobert pour les sciences de la terre et de l’espace, Fernand Gallais pour la chimie, Claude Lévi pour les sciences de la vie, enfin à Pierre Monbeig pour les humanités et à l’économiste Pierre Bauchet pour les sciences sociales.
Une autre mesure vise à réduire le nombre des laboratoires propres du CNRS, dont certains devenus obsolescents à Meudon-Bellevue ou à Gif s/Yvette, et à harmoniser la gestion de ceux qui dépendent de l’enseignement supérieur. Désormais tous les laboratoires soutenus par le CNRS seront soumis aux procédures d’évaluation du comité national, ceux de l’enseignement supérieur devenant des ‘Laboratoires associés’ (L.A.), bientôt rejoints par des ‘Équipes de recherche associées’ (E.R.A). Gage de son succès, le dispositif est appelé à se généraliser pour donner les 'unités mixtes de recherche' (UMR) que nous connaissons aujourd’hui. En réalité remarque Hubert Curien, il s’est révélé plus profitable au CNRS qu’à l’université : «si le système d'évaluation (du comité national) fonctionne bien en ce qui concerne les hommes, il est moins satisfaisant pour les sujets de recherches ou le contenu des programmes. Moyennant quoi les responsables du CNRS se sont de plus en plus sentis les patrons des laboratoires universitaires. Dans les conseils de laboratoire, quel était celui vers lequel on se tournait? Ce n'était pas le représentant du président d'université, mais le directeur scientifique du CNRS. Si le système a été profitable à la recherche française, je n'en disconviens pas, il n'a certainement pas aidé chaque université à prendre conscience qu'elle pourrait avoir une politique scientifique ».

Alors que le CNRS avait été créé comme - et soit largement resté – une affaire de physiciens, la discipline a assez rapidement cherché à s’affranchir de l’emprise du comité national. Couvrant un ensemble de recherches gourmandes en moyens lourds, la physique a pu installer ses premiers laboratoires propres hors de son emprise. L'Institut d'astrophysique de Paris (IAP) ou l'Observatoire de haute Provence (OHP) ont ouvert la marche dès l’avant-guerre. Dans les années 1950, le développement de la radioastronomie suscite la construction de la station de Nançay. Au milieu des années 1960, le rapprochement entre l’astrophysique et la géophysique conduit l'astronome Jean-François Denisse à installer un premier 'Institut national d'astrophysique et de géophysique' (INAG). Pour répondre aux craintes du comité national de se trouver dépossédé de ses responsabilité, il propose que les sections concernées forment le conseil scientifique de ce nouvel institut. L’INAG ultérieurement rebaptisé ‘Institut national des sciences de l'univers’ (INSU) a pu développer ainsi des coopérations internationales qui donneront le télescope franco-canadien de Hawaii et plus tard l’’European Southern Laboratory’ au Chili (31b)
A partir du ‘Laboratoire d'électrostatique et de physique du métal’ (LEPM) qu’il avait installé pendant la guerre, le souci de disposer des moyens nécessaires à la physique des solides a conduit Louis Néel (nobélisé en 1970) à développer le ‘Centre d'études nucléaires de Grenoble’ (CEN-G), « c'est l'époque où l'on commençait à parler de réacteurs universitaires dédiés à la recherche et, en 1953-54 dit-il. En coopération avec le CEA on a construit la pile Mélusine pour étudier le moment magnétique des atomes dans un réseau cristallin». Puis en association avec la ‘Max Planck’, l’université de Grenoble et les industries électrotechniques locales,  le ‘CEN-G’ accueille le réacteur à haut flux au sein de l’Institut Laüe-Langevin, une première en matière de coopération scientifique franco-allemande, appelée à intéresser aussi les biologistes de l’'European Molecular Biology Organization' (EMBO). Dans sa relation assez lâche avec le CNRS, Néel s’est affranchi des contraintes statutaires posées par le comité national. Au milieu des années 1960, il demande dans la commission où il siège, si en guise d'orientation scientifique, "...il ne suffirait pas simplement de donner la priorité aux sections où il y a déjà les hommes" (32).
En physique nucléaire, le CNRS qui avait eu un rôle pionnier a passé la main en matière de recherche fondamentale au Commissariat à l’énergie atomique et au ‘Centre européen de recherches nucléaires’ (CERN). Au début des années 1970, sous l’impulsion du CEA, les projets d'installations d’accélérateurs de particules dans les campus universitaires (Grenoble, Orsay, Caen...) suscite  la mise en place de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules’ (IN2P3) (32b)

Au milieu des années 1970, la crise économique à la suite du premier choc pétrolier conduit l’’Organisation de coopération et de développement économique’ (OCDE) à encourager le développement des politiques scientifiques. Au CNRS, Le directeur nommé en 1976, le physicien Robert Chabbal, introduit le concept de ‘pilotage par l’aval’. C'est-à-dire, selon un schéma schumpétérien, de développer les axes de recherche (scientific push) suscités par le progrès technique (demand pull). Il lance des programmes interdisciplinaires dont le premier est consacré à l'énergie solaire (PIRDES). Il réorganise aussi le département de la physique en trois entités distinctes, ‘maths-physique’, ‘physique des particules’ et ‘sciences pour l’ingénieur’ (SPI). La vocation des ‘SPI’ est de rapprocher la recherche fondamentale des applications industrielles. Contrairement aux programmes interdisciplinaires qui n’ont eu qu’un succès limité, les ‘SPI’ marquent la réussite du rapprochement entre les chercheurs du CNRS et leurs collègues de l'industrie, une disposition prônée en son temps par le sénateur Longchambon. Sous la direction de Jean Lagasse, le directeur du ‘laboratoire des automatismes et des applications spatiales’ de Toulouse, les ‘SPI’ regroupent quatre sections du comité national, ‘informatique’, ‘génie électrique’, ‘mécanique’ et ‘thermique’, pour féconder d’autres domaines de recherche, notamment dans les sciences de la vie (33).

Dans les sciences de la vie (SDV), les rapprochements interdisciplinaires permis par le comité national peuvent s’apprécier en termes quantitatifs. Au CNRS, Ils sont illustrés par un transfert du centre de gravité de la chimie vers la biologie. La proportion de chercheurs dans les SDV est passé de 18 % en 1950 à plus de 30% en 1980, corrélativement à la décroissance du nombre de chimistes de 26 à 18 %. Il s'agit d’ailleurs souvent de chercheuses, puisque le département SDV représente le secteur le plus féminisé avec 50% de femmes à la fin des 1970, contre une moyenne de 20 % dans les autres secteurs (34).
Sur le plan qualitatif, l’évolution apparait plus nuancée. Confronté aux pesanteurs universitaires et au conservatisme du Museum d'histoire naturelle, le CNRS a manqué le tournant de la biologie moléculaire et n’a qu’imparfaitement réduit les tensions entre les naturalistes, hier adeptes de taxinomie, aujourd'hui de biodiversité, et les réductionnistes investis dans les arcanes de la génétique et des origines moléculaires du vivant.  A la fin des années 1940, il a fallu l'influence du pasteurien André Lwoff pour obtenir l'ouverture d'une section de biologie cellulaire au comité national, initialement refusée par les naturalistes du Museum qui redoutaient la perte des moyens consacrés à la botanique (35). Quant au développement de la biologie moléculaire, il a surtout bénéficié du soutien apporté par les actions concertées de la DGRST. L'IBPC a certes fini par être intégré au CNRS, mais l’organisme dédié à la nouvelle discipline sera implanté à la faculté des sciences sous le nom d’‘Institut Jacques Monod’ (U. Paris VI – VII). En revanche, l'organisme peut légitimement revendiquer les avancées réalisées en génétique moléculaire. A l‘Institut de génétique’ installé sur le campus de Gif s/Yvette, inspiré par les pasteuriens, dans les années 1950, le généticien Boris Ephrussi a développé la génétique des micro-organismes à partir de mutations réalisées sur la levure de boulangerie. Ces mutants ‘petite colonie’ permettent au levuriste Piotr Slonimski de mettre en évidence les caractéristiques d’une génétique cytoplasmique à l’origine d’un ensemble de laboratoires installés à partir de 1967 au  ‘Centre de génétique moléculaire’ de Gif s/Yvette (34b).

Dès ses débuts, le CNRS avait participé au développement de la recherche médicale et pharmacologique. En 1938, une section de ‘médecine expérimentale’ avait été introduite au Conseil supérieur de la recherche à l'initiative du doyen Gustave Roussy. Dans l’après-guerre, en vue d'installer leurs laboratoires les cliniciens soucieux de développer la recherche médicale s’adressent au CNRS plutôt qu’à l’INH. Tel est le cas de l’hématologue Jean Bernard qui ouvre le Centre Hayem de l’hôpital Saint-Louis, Dans les années 1960, la recherche pharmacodynamique est introduite sur le campus de Gif s/Yvette avec l’’Institut de chimie des substances naturelles’ (ICSN) chimiste Edgar Lederer. Son successeur Pierre Potier y découvre une molécule anti-cancéreuse particulièrement efficace.  Malgré les réticences de certains biologistes comme Pierre Chambon qui estime que "la biologie a plus fait pour la médecine que la médecine elle-même" (36), Le développement de l’internat scientifique, notamment le doublement des effectifs de médecins chercheurs au CNRS, provoque le dédoublement de le section médicale du comité national entre pathologie et thérapeutique expérimentale. Enfin, inspiré par le 'modèle IBPC', dans les années 1970-80, le CNRS participe en partenariat avec l’Inserm à la construction du ‘Centre d’immunologie de Marseille-Luminy’ (CIML) où François Kourilsky lance ‘Immunotech’, l’une des premières ‘startups’ destinée à la fabrication d’antigènes monoclonaux. De même le CNRS est partenaire de l'Institut Cochin de génétique moléculaire de Jean-Paul Lévy, ainsi que d'un autre fleuron de la recherche biomédicale, l’'Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire' (IGBMC) installé  par Pierre Chambon à Strasbourg.

Les humanités ont été introduites au CNRS très tôt, la philologie avec le ‘Trésor de la langue française’ dès l’avant-guerre par exemple, mais non sans soulever les sarcasmes des sciences expérimentales. Ainsi à la Libération, Joliot s'interroge devant son comité directeur, se demandant "…si le CNRS n’en viendra pas à subventionner des romans" (37). Dans les années 1950, le mathématicien Laurent Schwartz s'étonne de voir seulement 150 bourses proposées en mathématiques et en astronomie, contre 70 en paléontologie, 40 en anthropologie et 80 en philosophie. Il reste que le CNRS a permis l'institutionnalisation d'un certain nombre de disciplines, pas ou peu représentées à l'université. Depuis 1942, l'archéologie dispose de deux sections ouvertes par Jérôme Carcopino ou la sociologie qui bénéficie de l’installation en 1946 du ‘Centre d'études sociologiques’ (CES), avant que les sociologues n’émigrent une vingtaine d’années plus tard vers l'’École des hautes études en sciences sociales’ (EHESS). Néanmoins, le CNRS n'a pas toujours réussi à gommer certaines rivalités académiques, comme dans le cas de la 'philologie - linguistique' représentées par une unique section en 1945 et par pas moins de quatre sections différentes dix ans plus tard.
En 1981, la demande sociale opérée dans un contexte d'essor pluridisciplinaire a amené le CNRS à regrouper l'ensemble des sections concernées du comité national au sein d'un unique département des sciences humaines et sociales (SHS). Inspirées des actions concertées de la DGRST, les 'actions thématiques programmées' (ATP), les SHS  ont ainsi vu se multiplier les équipes de recherche associées (ERA), par exemple pour développer la sociologie urbaine ou la socio-économie de la santé. Ce département a également profité de son rapprochement avec son homologue des sciences pour l'ingénieur (SPI) pour développer des systèmes d’informatique documentaire ou les techniques de traduction automatique. Mais la sociologie fortifiée par l’intégration d’un personnel hors-statut réalisé à la fin des années 1970 a fini par essaimer dans quatre sections du comité national (34, 35, 38 et 45), moins semble-t-il en fonction de critères scientifiques solidement établis que du fait d'une discipline parfois marquée par son imprégnation idéologique. En définitive, le secteur des SHS est probablement resté le plus vulnérable dans un CNRS censé programmer son activité scientifique d'un côté et soutenir la recherche académique de l’autre. Dans les années 1970, une enquête menée à l’OCDE par le sociologue Stanley Hoffmann et l'économiste Wassily Léontieff préconisait d'ailleurs la réaffectation de cet ensemble au sein de l'enseignement supérieur. De fait, les SHS n'ont cessé d'osciller depuis entre une présence justifiée par la vocation multidisciplinaire du CNRS et des pratiques de recherche individuelle propres à la thèse universitaire (37b).

VII - Le comité national sur la sellette

Dans les années 1970, le souci de muscler la direction du CNRS s’est heurtée à l’omnipotence du comité national. Si Pierre Jacquinot peut se targuer d’avoir fait échapper le CNRS aux dispositions de la loi Edgar Faure à l’automne 1968 en rappelant que l’organisme qu’il dirige n’a pas de fonctions d’enseignement, les relations deviennent houleuses entre les directions scientifiques soucieuses de piloter la recherche et le comité national devenu un bastion du pouvoir syndical. Raymond Dedonder l’un des fondateurs du Syndicat national des chercheurs scientifiques ne masque pas cette évolution corporatiste : «les gens qui ont créé le SNCS se sont battus au départ, non seulement pour améliorer les conditions de carrière, mais aussi pour promouvoir le CNRS en tant qu'institution scientifique à part entière. Après 1968, quand il a été pris en main par une nouvelle tendance que l'on pourrait qualifier de gauchiste, il a été décidé de donner la priorité à la défense des chercheurs et non à celle du CNRS».

Cette dérive du comité national est fustigée par le conseil d'Etat. En 1972, le rapport Antoine Bernard révèle comment « …l'usage s'étant établi d'entériner la quasi-totalité de ses avis en matière de recrutement, c'est un tiers du budget CNRS qui échappe, de fait, à toute politique scientifique » (38). De fait, le comité national a la main sur une masse salariale qui ne descendra jamais au-dessous des deux tiers du budget de fonctionnement du CNRS, pour atteindre les neuf dixièmes au début des années 1980. D’autre part, la multiplication du nombre de sections, sa balkanisation, est dénoncée pour les risques qu’elles fait peser sur l’interdisciplinarité.
A ce propos, le déclin des actions thématiques programméesn (ATP) est symptomatique. Assez rapidement, elles ont subi une forme de déclassement de leurs fonctions programmatiques. En 1976, la section de biologie cellulaire évoque à leur propos le fait que "…toute forme de programmation n'aboutisse à la ‘médiocratisation’ de la recherche" (automne 1978).  Deux ans après leur lancement, le contrôleur financier du CNRS déplore que les ‘ATP’ soient utilisées comme une soudure financière, servant surtout à compléter la dotation régulière des laboratoires. " (Elles) n’ont jamais vraiment fait souche au CNRS regrette Robert Chabbal. Alors que l'ambition initiale était de leur confier la moitié du budget d'équipement du CNRS, les ATP n'en ont au mieux mobilisé que le dixième".
En fait, l’obtention du statut des chercheurs a fini par confronter le CNRS à une contradiction majeure. Leur évaluation opérée par les sections du comité national, le jugement par les pairs, se trouve prise entre les nécessités du suivi de carrières dans la fonction publique - I.e. l'avancement à l'ancienneté - et les rigueurs d’une évaluation nécessaire à la dynamique de la recherche scientifique. Au cours des années 1970 les archives du comité national révèlent la multiplication des débats entre des élus syndicaux qui défendant "…des chercheurs qui n'ont pas démérité" et des responsables d'unités qui déplorent de passer plus de temps "…à résoudre le cas de chercheurs à problèmes" qu'à évaluer la performance des plus inventifs (36).
En matière de recrutement, l’instauration d’un fléchage des postes censé couper court aux laborieuses discussions entre directions et comité national, est dénoncé en 1976 comme un viol de ses prérogatives par la commission de biologie des interactions cellulaires. Au directoire du CNRS, le pasteurien François Gros fustige d’ailleurs une pratique qui "stérilise l'humus indispensable à la recherche fondamentale" (39). Ces dysfonctionnements expliquent le vieillissement observé dans la pyramide des âges au CNRS. La moyenne d’âge qui voisinait la trentaine au début des années 1960 dépasse la cinquantaine une vingtaine d’années plus tard, moyennant quoi, ses capacités de recrutement pâtissent de l'indisponibilité budgétaire de postes nécessaires au dynamisme d'un organisme scientifique.

En mai 1981, l’élection de François Mitterrand et l’arrivée aux responsabilités d’une génération de chercheurs actifs dans le mouvement de soixante-huit, avivent la mémoire d'un Front populaire qui avait vu naitre le CNRS. Au comité national les représentants syndicaux se présentent en garants des mânes de Jean Perrin :  "les membres du syndicat national des chercheurs sont tous des scientifiques qui luttent pour la recherche, parce que précisément l'excellence ne peut en être assurée que dans le respect de ceux qui la font, des lois propres au développement scientifique et des besoins de la nation entière". Moyennant quoi, le SNCS réclame et obtient la tête des directeurs du CNRS, Jacques Ducuing, et de l'Inserm, Philippe Laudat, qu’il tient pour responsables d'avoir pliés les organismes publics au cours de la décennie précédente "...aux objectifs du gouvernement Giscard-Barre, c'est-à-dire aux intérêts des grands trusts privés et aux impératifs idéologiques du conservatisme" (40).
Dans le gouvernement Mauroy, Jean-Pierre Chevénement devient ministre de la Recherche et de la Technologie. Il obtient la tutelle du CNRS qui se retrouve ipso facto détaché de celle de l'Education nationale. Puis, à l'écoute des revendications syndicales il confie au pasteurien François Gros et à un chercheur de l'Inserm, Philippe Lazar, le soin d’organiser des assises de la recherche. Lors de leur conclusion début 1982, Lazar présente un rapport de synthèse centré sur l’emploi scientifique où il évoque les «…trois dissociations des métiers de la recherche entre formation initiale et fonction, entre fonction et carrière soumises à l'évolution permanente des aptitudes, des goûts et des possibilités, enfin entre la carrière et les responsabilités vis-à-vis de la Société » (41).
Rendant compte de cette manifestation, le chroniqueur scientifique du journal ‘Le Monde’, Maurice Avonny, s'étonne de la contradiction inhérente à la volonté ministérielle de rapprocher la recherche des préoccupations du domaine économique, du souci de défendre la liberté revendiquée pour la recherche fondamentale, "...de la priorité donnée à la question des besoins des chercheurs (plutôt que) de ceux auxquels ils doivent répondre, davantage de leurs droits que de leurs devoirs et surtout de l'accent mis sur la recherche fondamentale, (qui) ni en volume, ni en nombre d'hommes, ni en utilité pratique, ni peut-être en valeur culturelle, n'est supérieure aux autres.../ (Mais qui) reste la référence par rapport à laquelle on raisonne (et qui) est un peu trop l'arbre qui cache la forêt, (tant) le mythe du chercheur, individualiste, spécialisé dans un étroit domaine où il est candidat au prix Nobel reste enfoui dans bien des subconscients" (42).
En fait, la loi d’orientation du 15 juillet 1982 donne au CNRS le statut d’Établissements publics scientifiques et techniques (EPST) et parachève la fonctionnarisation de son personnel. Reste qu'à l'instigation du SNCS, l'intégration des chercheurs, d'enseignants-chercheurs et d'ingénieurs (ITA) au sein d'un corps unique est rejetée. En fait, cette loi est le chant du cygne d'un comité national qui s'est révélé incapable d'harmoniser les relations de la recherche et de l'enseignement supérieur. Quatre ans plus tard, un changement de majorité ramène la droite au pouvoir. Dans le premier gouvernement de cohabitation, dans le cabinet du Premier ministre Jacques Chirac, le juriste Yves Durand, le représentant des syndicats autonomes, part en gurerre contre l’emprise des syndicats de gauche, dénonçant "...l'impérialisme du CNRS vis-à-vis de la recherche universitaire". Suite à la saisine du conseil d'Etat, les dernières élections du comité national effectuées au scrutin de liste sont annulées. L’’Union nationale inter universitaire' (UNI) réclame la suppression du CNRS et le versement des moyens qui lui sont attribués à l'Enseignement supérieur. Défendu par le nouveau ministre de la Recherche, Alain Devaquet, la direction de l’organisme sort néanmoins renforcée de cette nouvelle crise au détriment des représentants du personnel. Un comité exécutif est mis en place à la tête du CNRS, tandis que le comité national voit le nombre de ses sections réduit de 25 à 22 et que les représentants syndicaux sont désormais exclus des instances chargées d’organiser les élections. Reste qu’au tournant des années 2000, le problème de l’emploi scientifique n'a rien perdu de son acuité. Le SNCS à la manœuvre jusque-là au sein du comité national cède maintenant la place à un mouvement moins structuré de jeunes chercheurs, plus vaste et plus revendicatif, 'Sauvons la recherche' (SLR).

VIII - Crise de l'emploi scientifique

Le début des années 2000 est marqué par la crise de l’emploi scientifique. Un rapport de l’Education nationale pointe la décroissance du nombre de thèses soutenues en cinq ans, en moyenne moins 20 % en chimie et en physique et moins 12 % en mathématiques. A l’inverse note Laurence Esterle de l'Observatoire des sciences et des techniques, "en SDV et en SHS, le Graal des thésards reste la recherche publique, mais en ajoutant que pour une place d'enseignant-chercheur en biologie moléculaire ou en biochimie, c'est un raz de marée de 56 candidats" (43).  En mars 2003 le mouvement ‘Sauvons la recherche’ (SLR) suscite une vaste mobilisation à l'Hôtel de Ville de Paris. Plus d’un millier de responsables de laboratoire du secteur public menacent de démissionner. En juin au CNRS, le comité national se réunit en session extraordinaire afin de débattre des problèmes de l'emploi scientifique. ‘SLR’ annonce la préparation d’États-généraux pour l’année suivante.

L’année 2004 suscite un ensemble de réflexions dans l'ensemble de la communauté scientifique. Alain Trautmann, un directeur de laboratoire à l’Institut Cochin de génétique moléculaire, un leader du mouvement ‘SLR’ est interrogé par le journal Le Monde. La défense du statut des chercheurs implique l’intangibilité d’un service public de la recherche dit-il : « la connaissance scientifique est un bien public dont l'Etat est le principal promoteur et le seul garant, et il dénonce ceux qui souhaitent l'asservissement de la recherche aux besoins de l'économie. Ceux qui pensent que souplesse rime avec précarité (…) restent sourds aux appels des jeunes chercheurs précaires ». Concernant l’éventualité du rapprochement souhaité de la recherche et de l’université, le mouvement suggère « la création de pôles de recherche et d'enseignement supérieur qui associeraient universités, recherche publique et recherche privée avec l’adoption d’un plan pluriannuel pour l'emploi scientifique permettant de recruter de jeunes doctorants sur des poste stable ». Cette proposition qui sera d'ailleurs retenue apparait plus originale que le plaidoyer convenu de Trautmann pour la recherche fondamentale : « il existe des pans entiers de la recherche qui ne sont absolument pas programmables, en 1970 le président Nixon a lancé un plan cancer qui a coûté plus cher que la conquête de la Lune et qui n'a évidemment pas résolu le problème. Pour illustrer le fait qu'un certain type de programmation est stupide, je dirais que ce n'est pas en voulant améliorer la bougie qu'on a inventé l'électricité ». Selon SLR, deux secteurs sont particulièrement menacés : « si la révolte des chercheurs est partie du secteur de la biologie, ce n'est pas un hasard. La différence entre les moyens de ce secteur et ceux dont disposent nos collègues américains est énorme. Le budget des National Institute of Health est actuellement cinquante fois celui de l'Inserm. Cela dit, la biologie n'est pas la seule à souffrir et le secteur des sciences de l'homme et de la société est également très mal en point » (44).
Dans une tribune publiée par 'Le Monde', quatre personnalités scientifiques de premier rang, les Nobel François Jacob et Jean-Marie Lehn, le mathématicien Pierre-Louis Lions titulaire de la médaille Field, Philippe Kourilsky le directeur de l'Institut Pasteur, dressent le constat sans complaisance du statut d’enseignant-chercheur inscrit dans la loi de 1984 : « en dépit d'énormes efforts, toutes les universités françaises n'ont pas absorbé le choc de la massification de l'Enseignement supérieur. (...) Trop souvent, les conditions de travail des enseignants, surchargés non seulement de cours, mais de tâches ancillaires de tous ordres, sont pénibles et dissuasives vis-à-vis des jeunes qui voudraient entrer dans la carrière scientifique». Pour remédier à cette situation, les auteurs de ce manifeste proposent quelques mesures drastiques : « à l'évidence, il ne sera pas possible d'augmenter significativement les salaires sans maintenir constant, voire diminuer transitoirement, le nombre des chercheurs. La question est déplaisante, mais ne peut être éludée. Voulons-vous un système diffus constitué d'une pléiade de chercheurs mal payés, ou un dispositif plus concentré, forcément plus élitaire, dans lequel les chercheurs sont mieux payés et plus performants ? »  Quant à l’évaluation des chercheurs telle qu’elle est menée dans les établissements publics, elle est pénalisée "...par trop de mécanismes électifs qui dans l'évaluation par les pairs n'offrent pas de garantie d'optimisation des compétences et introduisent à l'inverse une certaine forme de consanguinité en donnant trop de poids aux syndicats » (45).
Quant à l’Académie des Sciences qui ne manque pas de relever la perte d’influence du comité national, elle plaide pour un rapprochement entre universitaires et chercheurs qui pourrait déboucher sur un statut unique. Mais à la condition, précise-t-elle, «qu’il soit porté remède à l'hétérogénéité du monde universitaire où 75 % des crédits abondés par le CNRS ne concernent que 15 % des universités ». L’auguste assemblée souligne que sur les quatre vingt huit universités installées par la loi Edgar Faure un quart de siècle plus tôt, seule une douzaine sont réellement performantes en matière de recherche. Reprenant une suggestion du mouvement des chercheurs, l’Académie préconise l’installation de campus scientifiques centrés, "...si possible" (!), sur les universités, sur les grandes écoles et les EPST. Par ailleurs, ces derniers sont encouragés à se rapprocher dans le secteur des sciences de la vie en fusionnant l’Inserm, la direction des sciences de la vie au CNRS et le département des sciences du vivant du CEA (46).
A l’automne 2004 lors de la conclusion des Etats-généraux de la recherche, les propositions de 'SLR' présentées par Alain Trautmann et par le physicien Edouard Brézin, un ancien président du CNRS, reçoivent un large soutien de la classe politique, de Nicolas Sarkozy à l’UMP à Marie-Georges Buffet pour le PCF en passant par François Hollande au PS.

Début 2005, François d’Aubert le ministre délégué à la Recherche présente les grands axes d’une nouvelle loi d’orientation et de programmation  dont la promesse avait été faite l’année précédente (28 oct. 2004). Présentée comme un nouveau pacte avec la société, il tiendra compte des propositions issues des états-généraux de la recherche, comme d'autres contributions. En réponse à la conférence des présidents d'université (CPU) qui demandent la mise en place d'un statut unique des chercheurs et des enseignants-chercheurs, le ministre souligne que l'idée reste "insuffisamment mûre" compte-tenu de la situation, mais il insiste sur le rôle qu’aura à jouer une agence nationale de la recherche destinée à couvrir l’ensemble des activités scientifiques menées en France, dans les EPST comme dans l'enseignement supérieur. Depuis un an, cette loi d’orientation a été élaborée en toute discrétion par des responsables du CEA en postes au ministère de la Recherche.  Parmi eux, le directeur, le chimiste Bernard Bigot bientôt appelé à devenir haut-commissaire à l’énergie atomique. Auprès de lui, Gilles Bloch, issu du département des sciences du vivant au CEA, auquel est confié le soin d’installer l’Agence nationale de la recherche (ANR). Outre la disposition d’une chaine de décision plus efficace que celles des autres établissements publics, André Syrota, son ancien patron au CEA, bientôt appelé prendre la direction de l’Inserm estime que : « l’un des gages des succès du Commissariat s'inscrit dans une perspective qui permettait de rapprocher les aspects technologiques des ingénieurs des approches plus fondamentales des chercheurs".
L'adoption de la nouvelle loi d’orientation suscite des réactions mitigées dans la communauté scientifique. Alors que des chercheurs qui s’estiment « roulés dans la farine » demandent au gouvernement de « revoir sa copie », Axel Kahn, le directeur de l’Institut Cochin, signe une tribune collective où est évoqué :  «le magnifique élan d'une collectivité fière et blessée (sic), égarée par la fausse route où l’engage le gouvernement » (47).  De son côté, Alain Trautmann tout en reconnaissant certaines avancées dues à la mobilisation des chercheurs, prend acte de l’essoufflement du mouvement : « Le temps a joué contre nous et a en tout cas a abouti à démobiliser partiellement les chercheurs…/ Certains, au sein de SLR, considèrent que nous aurions dû rechercher l'épreuve de force avec le pouvoir plutôt que la discussion. Je crois, pour ma part, que nous n'avions ni les forces, ni l'élan nécessaires pour en sortir victorieusement » (48).

Le CNRS n’a pas connu meilleure fortune. Passée la tentative réformatrice du ministre Claude Allègre qui a surtout concerné l'enseignement supérieur, au ministère de la Recherche Bernard Bigot procéde en 2003 au remplacement de Geneviève Berger par Bernard Larrouturou à la tête du CNRS. Venu de l’INRIA, ce polytechnicien semblait apporter les garanties nécessaires pour tenter d’insuffler une dynamique nouvelle à l’organisme historique. Son intention d’amener le CNRS qui cumulait les fonctions d'agence de moyens et d'opérateur de recherche à se recentrer sur cette dernière conduit Larrouturou à exprimer  son scepticisme quant à un éventuel rapprochement avec l’enseignement supérieur : « j'ai la conviction que l'avenir de la recherche française passe par le développement des universités dit-il, mais la plupart d'entre elles ne sont pas en mesure de mener une politique scientifique affirmée pour se hisser au meilleur niveau international» (49).  Afin de remédier aux faiblesses d’ un comité national qu’il estime trop cloisonné, le nouveau directeur envisage la création de quatre départements thématiques, de deux départements transversaux, ainsi que de cinq directions interrégionales, enfin d’une direction de la stratégie scientifique. Trois ans plus tard, la démission du président du CNRS, Bernard Meunier, suivie de celle de son directeur signe l’échec d’une réorganisation dont "…la réticulation administrative excessive ne semble pas la meilleure manière de répondre aux défis scientifiques qui attendent l’établissement ». Surpris par la brutalité de l'événement, Larrouturou dénonce un ‘putsch’ provoqué par la volonté de l’éliminer afin de laisser place nette à l’ANR : « on m'a expliqué en haut lieu que le CNRS est le bateau-amiral de la recherche française et qu'il est donc placé sous les ordres de l'Élysée dès qu'il quitte le port dit-il. Je m'inscris en faux avec cette vision. L'autonomie des établissements et la responsabilisation de leurs dirigeants sont des éléments-clés de leur dynamisme » (48).

IX – Les technosciences, un univers en expansion

 A l'aube du XXI° siècle, le fait est que les activités scientifiques ont profondément changé de nature par rapport aux grandes heures du CNRS. Ainsi, le clivage entre la recherche fondamentale et ses applications sur lequel le comité national avait bâti sa légitimité, n’a guère facilité l’adaptation à l'espace technico-scientifique dans lequel l'organismes entend désormais naviguer : " il est peu de découvertes scientifiques qui ne se monnaient presque aussitôt en spectaculaires retombées technologiques écrit l’épistémologue Jean-Pierre Séris. Peu de découvertes scientifiques qui n’empruntent à une technologie leurs conditions mêmes de possibilité. L’opposition grecque entre une 'épistémè' contemplative, désintéressée et une 'technè' utilitaire, active, débrouillarde et pratique ne nous parle plus; seule la nature de cette liaison pose aujourd'hui problème.../ La science ne se contente plus d'observer le réel, elle l'utilise, le modifie, l'enrichit et la technique produit des outils qui permettent de savoir plus et mieux " (49).

Nul autre domaine que celui des sciences de la vie n'illustre mieux cette évolution. Elle explique l'absence du CNRS lors du lancement du séquençage du génome humain (Human Genome Program), un programme fondé sur l’essor des biotechnologies, génomique et bioinformatique. Dans les années 1980 en France, l’initiative en la matière n'est pas le fait des EPST, mais revient à une fondation de droit privé, le ‘Centre d'étude du polymorphisme humain' et à une association de malades, l’’Association française contre les myopathies’. Ensemble, ces deux organismes créent le 'Généthon' où Jean Weissenbach dresse la cartographie du génome humain. En fait, mandaté par la direction de l'Inserm le biologiste Philippe Kourilsky a exprimé ses réticences vis-à-vis d'une entreprise dont le financement parait susceptible de ponctionner le budget de la recherche fondamentale, sans parler de la nécessité de recruter un personnel technique peu qualifié, difficilement intégrable précise-t-il au sein des établissements publics. Néanmoins, au début des années 1990, Hubert Curien devenu ministre de la recherche prend l’initiative de lancer un ‘Groupement de recherches sur les génomes’ (GREG) dont il confie la responsabilité à Piotr Slonimski. Or l'ancien directeur du 'Centre de génétique moléculaire' du CNRS n'a jamais caché son hostilité à toute forme de recherche finalisée, notamment en fonction des applications médicale. Ainsi, il a refusé de collaborer avec Jim Watson venu solliciter sa participation au ‘HGP’, moyennant quoi le GREG saupoudre ses crédits pour le séquençage de micro-organismes (levures, E. Coli, Bacillus subtilis, etc.), refusant de donner une quelconque priorité à la recherche médicale (génotypage des maladies rares, vecteurs pour génothérapies, etc.).  En conséquence, à l'instigation ministère de la Recherche, après deux ans d'existence le GREG doit céder la place au successeur du Généthon, le Génopole d’Évry dirigé par Pierre Tambourin qui vient de quitter la direction des SDV. Le directeur du CNRS, Guy Aubert, lui ayant signifié "...que les biotechnologies n'étaient pas l'affaire d'un EPST". En définitive, c'est au Génople d'Evry que Jean Weissenbach réalisera en 2001 le séquençage du chromosome 14 du génome humain, assurant ainsi la participation de la France au ‘HGP'. "Dans les milieux de la recherche académique on n'aimait pas la génomique. Pourquoi ? demande l’intéressé, parce qu'un programme de séquençage, c'est avant tout de l'acquisition de données. Cela n'a pas ce côté élégant qui motive tant les fondamentalistes. Mais il est vrai que de superbes travaux comme le modèle de l'opéron lactose (référence au Nobel des trois pasteuriens de 1965), partir d'une collection de mutants et déduire de leurs propriétés un mécanisme de régulation génétique, sont plus satisfaisants pour l'esprit ".

 Dotée d’un budget de plus d'un demi milliard d'euros inscrit dans la loi de Finances, l’ANR a fait une entrée en force dans le paysage scientifique français titre le journal ‘Le Monde'. L’Etat y est majoritaire (52 %) au côté des EPST, chacun à auteur de 6%, CEA, CNRS, INRA (agronomie), INRIA (informatique), Inserm, ACPUR (banques, assurances), ANRT et ANVAR. Trois thématiques prioritaires lui sont fixées dans une perspective multi-disciplinaire et de partenariats publics - privés, la recherche biomédicale et les sciences du vivant, les sciences et technologies de l'information et de la communication, l'énergie et le développement durable. L'Agence dispose aussi de 80 M€ pour soutenir des projets non finalisés touchant à des sujets émergents et de 10 M€ pour les SHS. La contractualisation de la recherche est le maître mot de l’ANR qui prend le contre-pied du dispositif de crédits récurrents affectés aux laboratoires des EPST.  Elle soutient des projets de recherche à l’issue d’une évaluation effectuée a priori et non plus a posteriori et affecte ses dotations en fonction de labels de qualité (LaBex, Idex).  A partir de 2010, l'Agence ouvre un programme spécifique destinés à  sélectionner les unités de recherche auxquels les moyens attribués permettront d'affronter la concurrence internationale. Une loi-programme  établit des ‘Pôles de recherche et d'enseignement supérieur’ (PRES) destinés à mettre en une seule main les laboratoires du secteur public, qu'ils dépendent des organismes scientifiques ou de l'enseignement supérieur, selon une dispositions suggérée lors des états-généraux de la recherche (50). Dans le cadre des programme d'investissement d'avenir (PIA) confiés à l'ANR en 2010, les PRES cèdent la place à des ‘Communautés d'universités et d’établissements de recherche’ (COMUE), dont la première mouture, le campus de Saclay dispose d'une dotation tout à fait conséquente d'un milliard d’euros. En définitive, ces dispositions s'inscrivent dans le regroupement d'instituts organisés autour d'un agenda scientifique pluri-disciplinaire tel celui prôné par André Mayer à l'IBPC, en tenant compte de l'inéluctable rapprochement de la science et des techniques annoncé par Henri Longchambon.

L’unification des instances d’évaluation est confiée à une ‘Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur’, devenue en 2014 ‘Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur’ (HCERES). Mais les modalités de l'évaluation scientifique ont profondément changé de nature, passant du niveau individuel des chercheurs, telle que la pratiquaient  les sections du comité national, à celle d'entités collectives, laboratoires, instituts ou ensembles universitaires, désormais mesurée à l'échelle internationale (publications, prix, etc.) (50b). Les pratiques de publications s’orientent d'ailleurs vers une sorte d'anonymat lié à la multiplication de leurs participants. Par exemple, la carte la du génome humain publiée dans la revue américaine ‘Science’ en 1996 ne comporte pas moins d'une centaine de signatures, dont celle de Jean Weissenbach, son principal artisan (51). L'évaluation scientifique s'inscrit maintenant dans des critères de comparaisons mondialisés, ‘Thomson Reuters’, ‘Academic Ranking of World Universities’ (ARWU) de l’université de Shanghaï, tandis que le recours aux publications sur lesquelles elle repose implique la généralisation de l'anglais dont l'usage s'est d'ailleurs plus facilement imposé aux sciences naturelles que dans les sciences humaines. L’un des résultats de cette réorganisation peut s’apprécier en termes de visibilité internationale avec la quatorzième position obtenue dans le classement ‘ARWU 2020' par le groupe 'Université Paris-Sud' (ex-U.-Paris-Orsay, ENS-Cachan, I. Gustave Roussy, CHU Kremlin-Bicêtre, avec des instituts comme Neurospin (CEA), des UR de l’Inserm et du CNRS) entre les universités américaines de Californie (UCLA) et Johns Hopkins (52). Quant au CNRS, désormais inséré dans le cadre d’une politique scientifique fixée en dehors de ses murs, l'évaluation de ses chercheurs reste l'apanage de son comité national, encore celle ci concerne-t-elle des post‘docs sélectionnés et formés aux travaux de laboratoire, ce qui n’était pas le cas des boursiers de la caisse des sciences, «...ces cerveaux si fâcheusement pourvus d'estomacs » évoqués par Jean Perrin au siècle précédent (53).

* Ce texte reprend les éléments de deux ouvrages sur l'histoire du CNRS - Picard, J-F., 'La République des savants. La Recherche française et le CNRS', avec. la collab. de G. Darmon et E. Pradoura, préface d'A. Prost,  Flammarion, 1990 & Guthleben D., 'Histoire du CNRS de 1939 à nos jours', préface de M. Blay, Armand Colin, 2013 - où l'analyse ne dépasse guère le seuil des années 1990. Outre que l'on insiste ici sur le rôle injustement méconnu de deux acteurs majeurs à l'origine du CNRS, André MayerHenri Longchambon, sur lesquels on ne dispose que de peu d'éléments biographiques contrairement à Jean Perrin et à Henri Laugier, on y trouvera aussi certains compléments portant sur le CNRS au cours de ces dernières décennies.
(1) Mayer A., 'Allocution pour le 25ème anniversaire de l'IBPC', Hermann, 1952, cité in http://www.histcnrs.fr/IBPC-DLA.pdf
(1b) Fosdick, R. B., ‘A Philosophy for a Foundation. On the Fiftieth Anniversary of the Rockefeller Foundation 1913 - 1963'. New-York, 1963.
(2) Picard J-F, Op. cit, p. 36 et sq.
(3) Ibid. et Perrin, J. ' L'organisation de la recherche scientifique en France', Hermann et Cie éditeurs, 1938
(4) Note J. Cavalier au ministre, janvier 1935 (AN 80284, liasse 1)
(5) Zay, J., 'Souvenirs et solitude', Le talus d'approche, 1987
(6) Conseil supérieur de la recherche scientifique, 2-5 mars 1938, Melun, imp. administrative, 1938
(7) Mayer A., 'Rapport présenté à la commission chargée de préparer le réglement intérieur de la caisse nationale des sciences' (AN 80284)
(7)  Mayer  J., 'André Mayer, a biographical sketch (1875 - 1956)', The journal of Nutrition, 99, 1 - 8
(8) Picard, Op. cit, p. 100
(9) Nye M-J., 'Science in the Provinces: Scientific Communities and Provincial Leadership in France, 1860-1930', University of California Press, 1986
(10) Charle C., 'La République des universitaires', Seuil, 1994
(11) Picard J-F. Op. cit, p. 61 et sq.
(12) Idid. p. 58
(13) Paris-Midi, 26 nov. 1939
(14) Pestre D., ''Raoul Dautry, la naissance d'une pensée technique 1880 - 1951', Institut français d'architecture, sept. 1987 et Weart S., 'Scientists in Power', Harvard U. Press, 1979.
(15) Kropfinger, G. 'Henri Longchambon (1896 - 1969)', mémoire de maitrise Paris IV, juin 1997
(16) Guthleben, D., Op. cit., p. 45 et sq. 
(17) Goudsmit, S. A., 'L'Allemagne et le secret atomique (la mission Alsos)', Arthème Fayard, 1948
(18) PIcard J-F, Op. cit. p. 98.  (P.V. du comité directeur du CNRS en 1944 in AN 80284, 114, 183 et 205)
(18b) A ces réalisations il convient d'ajouter les services de recherches installés dans les entreprises nationalisées à l'époque, par exemple à la SNCF pour l'électrification ferroviaire (Picard J-F, Technique universelle et filières nationales, le cas de l'électrification des chemins de fer européens, STP, vol 1, 1997) ou un département de R&D à EDF (Picard J-F, Recherche et Industrie, témoignages sur quarante dans d'études et de recherches à Electricité de France, Eyrolles, 1987)
(19) Teissier G., 'Une politique française de la science', conférence à l'Union Française Universitaire, 21 juin 1946. En 1950, pour des raisons politiques Joliot et Teissier seront démis de leurs fonctions l'un au CEA l'autre au CNRS, sans que l'événement ne semble avoir eu de conséquences majeures dans l'histoire des deux organismes.
(20) Ibid. , 'L'avenir de la science' , 3ème congrès de l'UFU, 1 avril 1947. Sur les circonstances du renvoi de Teissier du CNRS en 1950, cf. Guthleben D. Op. cit. p. 138 et sur celle de Joliot du CEA, Pinault M., 'Frédéric Joliot-Curie', Paris, O. Jacob, 2000
(21) Prenant M., 'Problèmes actuels du progrès scientifique en France', La Pensée, 77, 1-2 1958
(22) Le Monde, 6 oct. 1954
(23) Duclert V., 'Le colloque de Caen, second temps de l'engagement mendésiste', in Recherche (Le gouvernement de la recherche) 2006
(24) Colloque 'enseignement et recherche scientifique', Les cahiers de la République, janv. 1957
(25) Le Monde, 17 oct. 1956
(25b) Picard J-F, 'Recherche et Industrie, témoignages sur quarante ans d'études et de recherches à Electricité de France', Eyrolles, 1987
(26) Le Monde, 29 déc. 1954
(27) Ibid., 13 fév. 1960
(28) Longchambon H., 'La France face aux conséquences du progrès scientifique et technique', Cahiers laïcs, 1957
(28b) Aust J., Picard D., 'Gouverner par la proximité. Allouer des fonds à des projets de recherche dans les années 1960', Genèse, 2014-1, n° 94, pp. 7 - 31
(28c) Pour préciser sa position, Jean Coulomb sa plaisait à citer un article du physicien Léon Brillouin intitulé 'Solitaire ou embrigadé", La Revue de la NRF, 2 nov. 1956 : "jusqu'où irons nous dans cette voie ? Les savants dirigés et contrôlés cesseront peut être de s'intéresser à leurs recherches, deviendront des fonctionnaires plus ou moins zélés. La circulation des idées une fois étranglée, l'émulation tombera, la curiosité s'émoussera, la spécialisation technique survivra seul sous ce régime bureaucratique et, peu à peu, nous nous acheminerons vers une société de fourmis, une ruche bien organisée assez semblable au 'brave new world' prédit par Huxley."
(29)  Bénilan A-L et R., Notes d'archives extraites des PV des sessions 1971 -1979 du comité national (AN 830008, boites 119 - 183)
(30) Le Monde, 7 et 18 juin 1962
(31)  Interventions de  A. Kastler intervention au directoire du CNRS, juin 1965 (AN  94-0035)
(31b) Sur l'astrophysique et la géophysique, on consultera les entretiens réalisés avec Jean Delhaye (1986), Jean-François Denisse (1986), Pierre Drach (1986), Louis Lliboutry (1986), Maurice Mattauer (1988), Evry Schatzman (1987) et Haroun Tazieff (1986)
(32)  Néel, intervention au directoire du CNRS, juin 1965 (AN  94-0035)
(32b) Sur la physique des particules on consulera des entretiens avec Pierre Auger (1986), André Blanc-Lapierre (1989)
Jeanne Laberrigue (1986, 1989), Pierre Lehmann (1988) et Jean Teillac (1987)
(33) Barrier J., 'Aux frontières de l'industrie. Travail de démarcation et émergence d'un champ de recherche universitaire sur la microélectronique en France (1978 - 1986)' in Le gouvernement des disciplines acédémiques (J. P. Leresche dir.), Paris, E.A.C. 2017. Voir aussi Ramunni G., Les sciences pour l'ingénieur. Histoire du rendez-vous des sciences et de la société, Numilog.com, 1996 et Guthleben, Op. cit., p. 321 et sq.
(34)  Picard J-F., 'Les femmes dans les laboratoires de biologie', in Les Femmes dans l'histoire du CNRS, G. Hatet-Najar ed., Paris, CNRS, 2004.
(34b) Sur les sciences de la vie au CNRS on peut consulter les entretiens réalisés avec André Adoutte (1999), Charles Auffray (2001), Janine Beisson (2001), André Berkaloff (1997), Marie Anne Chancerel (2001), Antoine Danchin (2012), Raymond Dedonder (1987), Jacques Demaille (1996), Bernard Dujon (2019), Michel Jouvet (2007), Ernest Kahane (1986), Claude Kordon (2001), François Kourilsky (1990, 2001), Edgar Lederer (1986), Claude Lévi (1986), Vittorio Luzzati (2011), Bernard Malissen (2006), Roger Monier (1996), Jean-Claude Mounolou (1999-2000), Robert Naquet (1997), Claude Paoletti (éditos 1987 - 1992), Pierre Potier (2002), Piotr Slonimski (1999 - 2001), Pierre Tambourin (2000-2001) et Jean Weissenbach (2002, 2011)
(35) Heim R., intervention du directeur du Museum, au C. A. du CNRS, 9 mars 1945 (AN 80-0284, 55)
(36)  Bénilan A-L et R., Ibid. Sur l'organisation de la recherche médicale en France, on consultera sur le site http://histrecmed.fr/Eugène Aujaleu (1990), Jean-Pierre Bader (1991, 2001), Bernard Barataud (2001), Jean Bernard (1990 - 2001), Gilles Bloch (2015), Christian Bréchot (2008), Constant Burg (1975), Pierre Corvol (2002), Thierry Damerval (2015), Jean Dausset (1994, 2001), Jacques Demaille (1996), Philippe Even (2001), Alphonse Gardie (1991), Claude Griscelli (2001), Jean Hamburger (1990), Pierre Joly (2019), François Kourilsky (1990, 2001), Philippe Lazar (1990, 1993), Jean-Paul Lévy (1992 - 2020), Georges Mathé (1989 - 2002), Claude Mawas (1991 - 2010), Suzy Mouchet (2002 - 2019), Patrice Pinell (2002) et André Syrota (2011 - 2014)
(37) Joliot, F., conférence donnée au CNRS, 7 juin 1945 (P.V. du comité directeur du CNRS en 1944 in AN 80284, 205).
(37b) Sur les SHS eu CNRS, on consultera une série d'entretiens avec le géographe Roger Brunet (1986), l'économiste Martine Bungener (2016), les ethnologues Pierre-Henri Chombart de Lauwe (1986) et Sylvie Fainzang (2012), la sociologue Michèle Ferrand (2019), le philologue Jean Glénisson (1986), les sociologues Claudine Herzlich (2000, 2006), Viviane Isembert-Jamati (1987), Jacques Lautman (1987) et Bernard P. Lécuyer (1986), le linguiste Michel Lejeune (1986), le géographe Pierre Monbeig (1986), le psycho-sociologue Pierre Naville (1987), l'archéologue Jean Pouilloux (1987) et le sociologue Jean Stoetzel (1986)
(38) Bernard A. et al., 'Groupe d'étude sur le fonctionnement du comité national', CNRS, 1973; Lemaine G., Darmon G. et al.,  'Noopolis, les laboratoires de recherche fondamentale, de l'atelier à l'usine', Ed. du CNRS, 1982. Voir aussi Guthleben, D., p. 308 et sq.
(39) Gros F., intervention au directoire du 5-6 juillet 1977 (AN  94-0035)
(40) Le Monde, 9 juillet 1981
(41) Lazar P., 'La science doit rester au contact de la société', Le Monde, 20 janv. 1982
(42) Avonny M., 'Questions', Ibid., 13 janv. 1982
(43) Le Hir, P.., 'La recherche française dans la spirale du déclin', Le Monde, 11 mars 2003
(44) 'Discussion avec Alain Trautmann qui réclame un plan Marshall pour la recherche', Ibid., 15 janv. 2004
(45)  'La contribution de Nobel français au débat sur la recherche. La crise de la recherche académique, une opportunité de changement', Ibid. , 9 mars 2004
(46) Bronner L., L'Académie des sciences dénonce l'inadaptation du modèle français de recherche et prône une refonte totale',  Le Monde, 13  avril  2004
(47) 'Le gouvernement fait fausse route', Tribune, Y. Coppens, G. Fussmen, A. Kahn, J-C Pecker, J-P Vernant, H. Reeves, Le Monde, 4 avril 2005
(48) Le Monde, 17 janv. 2006, L'Humanité, 18 janv. 2006
(49) Séris J-P, 'La Technique', coll. quadrige, Paris, PUF, 1994. Voir aussi 'Histoire des sciences et des savoirs', t. III Le siècle des technosciences, coll. sous la dir. de D. Pestre, Seuil, 2019
(50) Le Monde, 18 avril 2006
(50b) Une évolution qui ne manque pas de susciter une nouvelle levée de boucliers des chercheurs contre A. Petit, le PDG du CNRS, Le Monde, 6 déc. 2019
(51) 'A gene map of the human genome', Science, vol. 274, 25 oct. 1996
(52) En matière de recherche, l'U. Paris-Sud (ou Paris Saclay) est classée onzième par le Center for World University Rankings 2021 entre Cambridge et le M.I.T.
(53) Perrin J., 'La science française' in Les Cahiers de Radio-Paris, 10 janv. 1939